Abstrakt
ačkoli jsou savčí genomy diploidní, předchozí studie rozsáhle zkoumaly průměrné architektury chromatinu bez ohledu na rozdíly mezi homologními chromozomy. Generovali jsme datové sady Hi-C, ChIP-seq a RNA-seq z CD4 T buněk B6, Cast a hybridních myší, abychom prozkoumali organizaci diploidního chromatinu a epigenetickou regulaci. Naše data ukazují, že interchromozomální interakční vzorce mezi homologními chromozomy jsou podobné, a podobnost je vysoce korelována s jejich alelickými úrovněmi koexprese. Rekonstrukce 3D jádra odhalila, že vzdálenosti homologních chromozomů od středu jádra jsou téměř stejné. Interchromozomální interakce na koncích centromer jsou výrazně slabší než interakce na koncích telomer, což naznačuje, že se nacházejí v různých oblastech v teritoriích chromozomů. Většina kompartmentů A / B nebo topologicky přidružených domén (Tad) je konzistentní mezi B6 a Cast. Zjistili jsme, že 58% haploidů v hybridech si udržuje stav rodičovského kompartmentu v B6 / Cast divergentních kompartmentech kvůli účinku cis. Přibližně 95% trans-provedených divergentních kompartmentů B6 / Cast konverguje do stejného stavu kompartmentu potenciálně kvůli sdílenému buněčnému prostředí. Ukázali jsme, že odlišně exprimované geny mezi dvěma haploidy v hybridu byly spojeny s genetickými nebo epigenetickými účinky. Stručně řečeno, naše multi-omics data z hybridních myší poskytla haploidní specifické informace o 3D jaderné architektuře a bohatý zdroj pro další pochopení epigenetické regulace haploidní specifické genové exprese.
