v prosinci 1990 první celoněmecké svobodné volby od nacistického období vynesly Kohlově koalici rozšířenou většinu. Po 45 letech rozdělení bylo Německo opět sjednoceno a následující rok Kohl pomohl vyjednat smlouvu o Evropské unii, která založila Evropskou Unii (EU) a připravila cestu pro zavedení eura, jednotné měny EU, do konce desetiletí.
dosažení národního sjednocení bylo brzy zastíněno řadou obtíží, některé kvůli strukturálním problémům v evropské ekonomice, jiné kvůli nákladům a důsledkům samotného Sjednocení. Stejně jako většina zbytku Evropy se Německo v 90. letech potýkalo se zvýšenou globální konkurencí, rostoucími náklady na propracovaný systém sociální péče a tvrdohlavou nezaměstnaností, zejména v tradičním průmyslovém sektoru. Čelila však i ohromujícím výdajům na sjednocení východu a západu. Tyto výdaje byly o to znepokojivější, že byly zjevně neočekávané. Kohl a jeho poradci udělali jen málo, aby připravili německé daňové poplatníky na náklady na sjednocení, částečně proto, že se obávali možných politických důsledků, ale také proto, že byli sami překvapeni velikostí úkolu. Jádrem problému byl stav východoněmecké ekonomiky, který byl mnohem horší, než si kdokoli uvědomil nebo připustil. Na světovém trhu mohla konkurovat jen hrstka východních firem; většina z nich byla žalostně neefektivní a také ekologicky destruktivní. V důsledku toho se bývalá východoněmecká ekonomika zhroutila, stovky tisíc východních obyvatel čelily nezaměstnanosti a Východ se stal silně závislým na federálních dotacích. Současně infrastruktura-silnice—železniční tratě, telefony a podobně-vyžadovala masivní kapitálové investice, aby poskytla základ pro budoucí hospodářský růst. Stručně řečeno, slib okamžité prosperity a ekonomické rovnosti, na kterém spočíval rychlý a relativně bezbolestný proces sjednocení, se ukázal jako nemožný splnit. Nezaměstnanost, sociální dislokace a zklamání pronásledovaly nové spolkové země více než deset let po pádu Berlínské zdi.
přetrvávající ekonomická propast mezi Východem a Západem byla jen jednou z několika obtíží spojených se sjednocením. Nepřekvapivě, mnoho východních lidí nesnášelo to, co považovali za západní aroganci a necitlivost. Termíny Wessi („westerner“) a Ossi („easterner“) naznačovaly různé přístupy ke světu: bývalý konkurenční a agresivní, produkt toho, čemu Němci říkají západní „loketní společnost“; ten pasivní a indolentní, produkt dusivé bezpečnosti komunistického režimu. PDS se stala politickým hlasem východních nespokojenců se silnou, i když lokalizovanou podporou v některých nových spolkových zemích. Neofašistický německý lidový svaz (Deutsche Volksunion), vedený milionářským vydavatelem Gerhardem Freyem, navíc získal významnou podporu mezi masou nezaměstnaných pracovníků ve východním Německu. Kromě nelibosti a rozčarování nad sjednocením, které pociťovalo mnoho východních a některých západních obyvatel, byl také problém vyrovnat se s dědictvím, které zanechalo 40 let diktatury. Východní Německo vyvinulo velký a účinný bezpečnostní aparát (Stasi), který zaměstnával širokou síť profesionálních a amatérských informátorů. Když se spisy této organizace začaly zveřejňovat, východní Němci zjistili, že mnoho z jejich nejvýznamnějších občanů, stejně jako někteří jejich přátelé, sousedé, a dokonce i rodinní příslušníci, byli na výplatní listině Stasi. Vyrovnat se s těmito odhaleními-legálně, politicky, a osobně-přidal k napětí postunifikačního desetiletí.
navzdory problémům s účastí na sjednocení a řadě skandálů ve vlastní straně získal Kohl v roce 1994 těsné vítězství. V roce 1996 překonal Adenauerův rekord jako nejdéle sloužící německý kancléř od Bismarcka. Nicméně, jeho popularita byla jasně ebbing. Kohl, který byl stále netolerantnější vůči kritice ve své vlastní straně, utrpěl ponižující porážku, když byla jeho první volba pro předsednictví odmítnuta. Místo toho byl v květnu 1994 zvolen předseda Spolkového ústavního soudu Roman Herzog a účinně a elegantně plnil své povinnosti. Když se Německo připravovalo na volby v roce 1998, jeho ekonomika slábla—nezaměstnanost překročila 10 procent a byla dvojnásobná než ve většině východního Německa—a někteří členové Kohlovy strany otevřeně doufali, že ustoupí ve prospěch nového kandidáta; místo toho kancléř znovu kandidoval a jeho koalice byla poražena, což ukončilo jeho 16leté kancléřství. Kohl byl ve funkci kancléře nahrazen Gerhardem Schröderem, pragmatickým a fotogenickým lídrem SPD, která vytvořila koalici se Stranou zelených.