Janet Gyatso je specialistka na buddhistická studia se zaměřením na tibetskou a jihoasijskou kulturní a intelektuální historii. Její knihy zahrnují „Zjevení sebe sama: tajné Autobiografie tibetského vizionáře“ ;“ v zrcadle paměti: úvahy o všímavosti a vzpomínání v Indickém a tibetském buddhismu“; a „ženy Tibetu“. Nedávno dokončila novou knihu, „být člověkem v buddhistickém světě.“: Intelektuální historie medicíny v raném novověku Tibetu „(Columbia University Press, 2015), která se zaměřuje na alternativní rané moderny a spojky a disjunktury mezi náboženskými a vědeckými epistemologiemi v tibetské medicíně v šestnáctém-osmnáctém století. Psala také o sexu a pohlaví v buddhistickém mnišství, a o současném hnutí ženské vysvěcení v buddhismu. Předchozí témata jejího stipendia zahrnovala vizionářské zjevení v buddhismu; linie, paměť, a autorství; filozofie zkušenosti; a autobiografické psaní v Tibetu.
Gyatso byl v letech 2000 až 2006 prezidentem Mezinárodní asociace tibetských studií a v letech 2004 až 2010 spolupředsedou sekce buddhismu Americké akademie náboženství. Vyučuje přednáškové kurzy a pokročilé semináře o buddhistické historii, rituál, a myšlenky, a tibetské literární praktiky a náboženské dějiny. Ve výuce i psaní čerpá z kulturní a literární teorie, a snaží se rozšířit spektrum intelektuálních zdrojů pro pochopení buddhistické a tibetské historie. Je členkou výboru Fakulty umění a věd pro studium náboženství, Katedra východoasijských jazyků a civilizací, a Výbor pro vnitřní Asijská a Altaická studia, a je aktivním účastníkem fóra Harvardských buddhistických studií. Podílí se také na vývoji nové dráhy pro výcvik buddhistických laických ministrů a vůdců v programu master of divinity na Harvard Divinity School (HDS).
Gyatso učil na Amherst College, než přišel na Harvard jako první Profesor buddhistické školy Hershey. V červenci 2014 se stala PRODĚKANKOU HDS pro fakultu a akademické záležitosti.