středověké období
středověká fáze japonské filozofie sahala od konce 12. století do 16. století, éry sociálních a politických otřesů. S rozpuštěním moci aristokracie a vzestupem samurajské třídy k politické a vojenské dominanci, soudní život tak ústřední pro klasické období ztratil své kouzlo. Tváří v tvář opakující se válce a neobvyklé sérii přírodních katastrof, mnoho Japonců ztratilo zájem o kosmické vize Shingona a Tendai. Místo toho doufali v náboženskou filozofii zaměřenou na vedení pokojného každodenního života v tom, co se stalo stále bouřlivějším světem. Buddhistické tříštivé skupiny (např. Čistá Země, Zen a Nichiren) se zakořenily mimo zavedené instituce.
Asuka-en, Japonsko
během období Kamakura (1185-1333) – kdy byl v Japonsku založen feudalismus, šógunát (vojenská diktatura) a třída samurajských válečníků—nové buddhistické školy se spojily kolem řady myslitelů, mezi něž patřili Hnnen (1133-1212), Shinran (1173-1263), Dgengen (1200-53) a Nichiren (1222-82). Hōnen a Shinran, zakladatelé dvou hlavních forem Čisté země japonského buddhismu, analyzovali lidskou slabost a potřebu důvěřovat v vykupitelskou sílu amidy Buddhy, Buddhy světla, který slíbil znovuzrození v čisté zemi věřícím. Dgengen používal zenovou meditaci jako prostředek k analýze filozofických problémů souvisejících s vědomím a já. Nichiren vychvaloval sílu oddanosti lotosové Sutře a jejímu ideálu bódhisattvy, nebo “ buddha-k-být.“Na podporu této praxe vypracoval filozofii historie a kritiku dalších buddhistických škol.
navzdory rozdílům sdíleli filozofové Kamakury zájem o zjednodušení buddhistické praxe a zpřístupnění laikům všech tříd. I dnes většina japonských buddhistů praktikuje formy náboženského života vyvinuté v období Kamakura. Filozofie těchto myslitelů také nadále ovlivňují mnoho japonských kulturních předpokladů. Zen přinesl zaměření na disciplínu ne jako prostředek k osvícení, ale jako cíl sám o sobě, zatímco čistá kritika duchovní soběstačnosti posílila nedůvěru k pojetí já jako izolovaného ega. Japonské estetické teorie se ve středověku dále rozvíjely a stále více odrážely buddhistická témata odloučení, přísná praxe, a oslava každodenního života. Během středověku, shintō myšlení a praxe byly podstatně absorbovány do buddhistické náboženské hegemonie. Během tohoto období došlo k malému kritickému vývoji konfuciánské filozofie.
