Lathrop navštěvovala Vassar College, promovala v roce 1880. Během následujících 10 let pracovala v advokátní kanceláři svého otce a zajímala se o různá reformní hnutí. V roce 1890 se přestěhovala do Chicaga a připojila se k Jane Addamsové v nově založené osadě Hull House. V červenci 1893, na jmenování guvernéra Johna P. Altgelda, zaujala místo v Illinois Board of Charities. Byla to její první příležitost podniknout takovou náročnou, podrobnou a vášnivě oddanou práci, která by charakterizovala její kariéru. Lathrop okamžitě zahájil osobní prohlídku všech 102 okresních chudobinců a farem ve státě. Přerušila tuto práci v zimě 1893-94, aby provedla inspekci okresních charitativních institucí v Cook county. Její ostré popisy ošetřovny, azylu a dalších institucí Cook county byly vytištěny jako kapitola v Mapách a dokumentech Hull-House (1895). Lathrop byl zvláště narušen léčbou duševně nemocných, kteří byli často hozeni s fyzicky nemocnými, bez ustanovení pro oddělení mladých a starých. Od doby svých inspekcí byla silným zastáncem Extramurální péče o duševní pacienty a později, v roce 1909, se stala charterovou členkou národního výboru pro duševní hygienu Clifforda W. Beerse. V roce 1901 odstoupila z Illinois Board of Charities na protest proti nízké kvalitě štábů většiny institucí, které spadají do její působnosti. V představenstvu působila znovu od roku 1905, dokud nebyl v roce 1909 přijat její plán na reorganizaci.
Lathrop zájem o problém najít vyškolený personál pro zaměstnance veřejných institucí vedl ji připojit Graham Taylor v Organizaci Chicago Institute of Social Science v 1903-04. Pravidelně přednášela ve škole, která byla brzy přejmenována na Chicago School of Civics and filantropy, a v roce 1907, za pomoci Sophonisby Breckinridge, založila její výzkumné oddělení a rok působila jako její ředitelka. Pokračovala jako správce školy, dokud se v roce 1920 nestala školou správy sociálních služeb Chicagské univerzity. Byla aktivní i v jiných oblastech: v roce 1899 se připojila k Lucy Flower v kampani, která zajistila vytvoření prvního soudního systému pro mladistvé na světě v Cook county. V roce 1908 se připojila k Breckinridge a Grace Abbottové při vytváření ochranné ligy přistěhovalců.
v roce 1912 prezident William Howard Taft jmenoval Lathrop do čela nově vytvořeného amerického dětského úřadu Ministerstva obchodu a práce. Byla první ženou, která vedla statutární Federální úřad při jmenování prezidenta se souhlasem Senátu. S omezeným rozpočtem a zaměstnanci nejprve provedla studii kojenecké úmrtnosti a vypracovala plán jednotné registrace narození. Následné studie úřadu se zaměřily na dětskou práci, důchody matek, nelegitimita, kriminalita mladistvých, výživa, a léčba mentálně retardovaných. Po přijetí zákona o dětské práci Keating-Owen v roce 1916 byla v rámci úřadu vytvořena divize dětské práce, která ji prosadila, a Lathrop přivedla svého starého spolupracovníka Abbotta, aby řídil divizi. (Zákon byl prohlášen za protiústavní v roce 1918, stejně jako druhý zákon z roku 1919 v roce 1922.) Za první světové války přebíral úřad další odpovědnost za děti vojáků a pracujících matek a další záležitosti. V letech 1918-19 působil Lathrop také jako předseda Národní konference Sociální práce.
Lathrop také tvrdě bojoval za zákon Sheppard-Townerův, který nabízí federální prostředky státům pro programy mateřské a kojenecké péče, která byla schválena krátce po její rezignaci ze zdravotních důvodů v roce 1921. (Vystřídal ji Abbott.) Od roku 1922 žila v Rockfordu ve státě Illinois. V tomto roce byla zvolena prezidentkou Illinois League of Women voličů, a ve stejném roce byla jmenována do prezidentské komise vyšetřující podmínky na imigrační stanici na Ellis Island, New York. Přispívala články do různých periodik a kapitolou k dítěti, klinice a soudu (1925). V letech 1925 až 1931 působila jako hodnotitelka Výboru pro péči o děti Společnosti národů.
