Wellhausenovo jméno bude někdy spojeno s vyšší kritikou Starého zákona, studiem hebrejských a řeckých písem z čistě vědeckého a kritického / historického hlediska. Zkoumal původ hebrejské bible, Židé, a Judaismus uprostřed pozadí starověkých blízkovýchodních říší Asýrie, Neo-Babylonie, Persie, a Makedonsko-řecké státy Seleucus a Ptolemaios. Wellhausen zůstává dominantním vlivem na moderní Hebrejská biblická studia.
Julius Wellhausen se narodil 17. května 1844 v severoněmeckém městě Hameln. Jeho otec byl Luteránský ministr; Julius měl následovat ve stejném povolání. Wellhausen byl poslán do Gottingenu v období 1862-65, aby studoval u Heinricha Ewalda, Hebraisty a starozákonního učence. Wellhausen a Ewald se však v letech 1866-70 postupně rozpadali. Oba se hádali o správný výklad Starého zákona a o pruské politice. Wellhausen získal Ph.D. v teologii v roce 1870 a poté učil dva roky v Gottingenu. V roce 1872 získal Wellhausen profesuru v Greifswaldu, který se nachází na Baltském moři. Rezignoval v roce 1882, protože věřil, že jeho učení má neblahý vliv na teologické studenty určené pro službu, a protože se stal postavou kontroverze ohledně jeho publikovaných názorů na Starý zákon.
do roku 1882 napsal Wellhausen již mnoho důležitých knih. Jeho první práce byla De Gentibus et Familus Judaeis (1870), která se zabývala starozákonními genealogiemi. Pak přišel Der Bucher Samuelis Untersucht (1871). Považoval existující hebrejský text dvou knih Samuela za velmi nevysvětlitelný a zkorumpovaný. S využitím všech hebrejských důkazů a důkazů z raných řeckých překladů, jako je Septuaginta, pokusil se rekonstruovat přesnější text. Dále přišel Farisaeer und Sadducaeer (1874), zabývající se vzestupem, vývojem a myšlenkami dvou dominantních židovských sekt existujících v době Ježíše. Poté přišlo velmi důležité dílo Die Composition des Hexateuchs und Der Historischen Bucher Des Altes Testaments (1876-77), které se poprvé objevilo jako články v německém vědeckém časopise. Dále se objevilo jeho nejslavnější dílo Geschichte Israels, kapela I (1878). Všechna pozdější vydání této klíčové knihy byla nazvána Prolegomena zur Geschichte Israel (1883). Anglický překlad se objevil v roce 1885; byl znovu vytištěn až v roce 1957.
Prolegomena má pro starozákonní studium stejný význam jako Koperníkova revoluce Orbium Coelestium (1543) pro astronomii a Darwinův Původ druhů (1859) pro biologii. Po zveřejnění Prolegomeny byli učenci rozděleni do dvou táborů: ti, kteří přijali Wellhausenovy základní představy o Hebrejské historii a ti, kteří ne. Většina akademického a učeného světa se rozhodla pro Wellhausen, ale o celé záležitosti stále zuří intenzivní diskuse. Wellhausen také editoval pozdější vydání standardního úvodu Friedricha Bleeka do literatury Starého zákona, Einleitung In das Alte Testament.
v době, kdy Wellhausen studoval u Ewalda, byl německý teologický svět v chaosu nad Ježíšovým životem D. F. Strausse (1835-36). Tato práce tvrdila, že čtyři kanonická evangelia nebyla historií, ale spíše to byly sbírky křesťanského folklóru, mýtus, legenda, fikce, a zbožná propaganda, s téměř žádnou stopou skutečného Ježíše. F. C. Baur, další student raného křesťanství, tvrdil, že činy byly nespolehlivé a ne faktické a že více než polovina Pavlových dopisů v Novém zákoně byla napsána po jeho smrti. Baur věřil, že Janovo evangelium bylo také pozdě (cca 150 n. l.) a neobsahovalo žádné autentické skutky ani výroky historického Ježíše. Starozákonní příběhy prošly podobným zpochybňováním. To bylo v této souvislosti, že Wellhausen ztratil svou víru a brzy přišel přijmout pouze kritické, historický, a vědecké metody vyšetřování Bible. Tento rozdíl byl ve středu jeho poslední přestávky s Ewaldem.
po více než dvě tisíciletí se předpokládalo, že Mojžíšovy zákony jsou starší než zákony Hebrejské monarchie, založené Saulem c. 1020 B. C. E., a hebrejskými proroky, 9. až 5. století B. C. E. Wellhausen byl zneklidněn, když se snažil jasně pochopit vztahy mezi mozaikovými zákony, údajně z roku 1450 př. n. l., a monarchií a proroky. Wellhausen byl neklidný a zmatený z konceptu, že mozaikové zákony obsahují klíč a vysvětlení pozdějších věků hebrejských dějin. Byl vážně zmaten vysvětlením a. W. Knobela ve svých naučených a pak standardních komentářích k Pentateuchu (1852-61) a spisech jeho mentora Ewalda. Wellhausen napsal: „zatím jsem nedosáhl jasných konceptů, jen jsem upadl do hlubšího zmatku, což bylo ještě horší zmateno vysvětlením Ewalda ve druhém svazku jeho historie Izraele. Konečně, v průběhu příležitostné návštěvy Gottingenu v létě 1867, jsem se prostřednictvím Ritschla dozvěděl, že Karl Heinrich Graf umístil zákon později než proroci, a téměř bez znalosti jeho důvodů pro hypotézu jsem byl připraven jej přijmout; snadno jsem si uznal možnost porozumět hebrejskému starověku bez knihy Tóry.“
otázka zněla: existovaly Mojžíšovy zákony před nebo po prorocích, jako je Amos, Ozeáš, Izaiáš a Micheáš? Malý počet učenců již postavil proroky před zákon. Mezi nimi byli Eduard Reuss (1833), J.F. L. George (1835), William Vatke (1835); toto oživil K. H. Graf v roce 1866. Zde byla příčina a následek zcela obráceny a tato pozice byla považována za zjevně absurdní. To však Wellhausenovi poskytlo vodítko, které potřeboval, aby celá izraelská / Židovská biblická historie byla skutečně srozumitelná ve své knize o Hexateuchu a v Prolegomeně. Tyto dva svazky, jeho nejdůležitější práce o židovské historii, brzy převrátil stávající konsensus v této věci a vedl k vědecké revoluci. Wellhausen přijal takzvanou „dokumentární hypotézu“, že pět Mojžíšových knih nenapsal Mojžíš, ale spíše sestával ze čtyř různých, později, a anonymní zdroje, které vědci označili písmeny, J, E, D, A P. Wellhausenovy konečné závěry byly, že judaismus a existující Pentateuch neexistovaly před 5. stoletím př. n. l. věřil, že kněz Ezra, nikoli Mojžíš ve druhém tisíciletí př.n. l., zavedl Judaismus kolem roku 444 př. n. l.
v roce 1882 se Wellhausen přestěhoval do Halle jako odborný asistent v semitských jazycích. Přestěhoval se do Marburgu třiroky později, poté, co získal plné profesorství. Jeho pobyt v Marburgu (1885-91) tvořil nejšťastnější roky jeho života. Během této doby se svěřil blízkým kolegům a přátelům, že je“ otrávený “ Starým zákonem.