Dr. Kagan provedl od května 2007 osm bitevních okruhů Iráku pro velícího generála MNF-I, z nichž tři byly v Afghánistánu pro centrální velení Spojených států (CENTCOM) a mezinárodní bezpečnostní asistenční síly (ISAF). V říjnu 2008 působila ve společném týmu pro hodnocení plánu kampaně pro nadnárodní mise síly-Irák-USA Irák a v lednu 2009 jako součást civilního poradního týmu pro strategický přezkum CENTCOM. Kagan působil v Kábulu jako člen strategického hodnotícího týmu generála Stanleyho Mcchrystala, složeného z civilních odborníků, během svého strategického přezkumu v červnu a červenci 2009. V létě 2010 se vrátila do Afghánistánu, aby pomohla generálu Davidu Petraeusovi s přechodnými úkoly po jeho převzetí velení v Afghánistánu. Kagan také slouží v akademickém poradním sboru v afghánsko-pákistánském centru excelence v CENTCOMU.
Kagan je zakladatelem a prezidentem Institutu pro studium války (ISW). ISW se popisuje jako “ nestranický neziskový think tank, který se snaží poskytovat výzkum a analýzu konkrétně týkající se otázek obrany a zahraničních věcí. ISW vytváří komplexní zprávy o realitě války; se zaměřením na vojenské operace, nepřátelské hrozby, a politické trendy v různých konfliktních zónách“.
25. května 2010 se Kagan zúčastnil briefingu na Capitol Hill zaměřeného na iráckou politickou krizi, který zahrnoval poznámky iráckého velvyslance Samira Sumaidaieho a Dr. Kennetha Pollacka, vedoucího pracovníka Brookings Institution. Kagan se také zúčastnil akce Brookings Institution s názvem „vyhlídky na budoucnost Afghánistánu: hodnocení výsledku afghánských prezidentských voleb“ spolu s Dr. Michaelem e. O ‚ Hanlonem.
Kaganova organizace ISW financovala vytvoření 34minutového dokumentu The Surge: The Untold Story s generálním ředitelem CIA Davidem Petraeusem, předsedou ISW, generálem americké armády Jackem Keanem (ret.) a LTG Jakub Dubík (ret.) popisující strategii nárůstu v Iráku a to, jak někteří vysoce postavení američtí důstojníci tvrdí, že uklidnili zemi a vyhráli tak válku.
spolu s generálem Keanem je Kagan členem poradního sboru Spirit of America, organizace 501 (c) (3), která podporuje bezpečnost a úspěch Američanů sloužících v zahraničí a místních lidí a partnerů, kterým se snaží pomoci.
