tradiční jazyková klasifikace jihoafrických Khoisanských jazyků je dělí na tři účinně nesouvisející skupiny: Severní, Střední a Jižní. Sandawe z Tanzanie má vzdálený vztah k centrální skupině, ale místo Hadzy i ve vztahu k Sandawe bylo vždy nejasné; a status Kwadi, vyhynulého jazyka Namibe (dříve Moçâmedes) v jihozápadní Angole, zůstává nejistý. Kwadi může být velmi vzdáleně příbuzný skupině Khoe. V každé skupině se nacházejí více či méně úzce příbuzné jazyky a dialekty s výraznými gramatickými nebo lexikálními rysy, ale mezi skupinami existují výrazné jazykové rozdíly. V rafinovanějším členění jazyků, geografická adjektiva jsou nahrazena jmény pro „osobu“ v každém hlavním shluku jazyků, takže Ju nahrazuje Severní, khoe nahrazuje centrální, a !Kwi a Taa expandují na jih.
Ju dialekty !Xũ, Ju / hoã a ǂKx ‚AU ǁ‘ eĩ mluví asi 11 000 lidí hlavně v severovýchodní Namibii a přilehlých částech Ngamilandu v Botswaně; v Jižní Angole může být také několik řečníků. Khoe jazyky-zejména Khoekhoe skupina, skládající se z Nama (oficiálně volal Khoekhoegowab) Namibie, s asi 230,000 reproduktory, a !Ora a Gri (oba zaniklé) Jižní Afriky – jsou nejpočetnější. Většina zbývajících khoe jazyků a dialektů Non-Khoekhoe (NKK) skupiny, které dohromady tvoří asi 66,000 reproduktory, se nacházejí v celé západní, střední a Severní Botswana. Z takzvaných západních NKK jazyků se na západě mluví Naro (s několika mluvčími v přilehlých částech Namibie), | Gui a ǁGana se mluví v západo-centrální oblasti a Buga a ǁAni se mluví na severu v deltě Okavango. (Kxoe, která je s ní úzce spjata, se nachází v pásu Caprivi v Namibii a podél řeky Kwando v jihovýchodní Angole.) Skupiny jazyků Shua a Tshua se mluví ve východních částech Botswany. Taa dialekty Jižní skupiny, skládající se z úzce příbuzných odrůd !Xóõ, mluví méně než 2500 lidí v jihozápadní Botswaně (klikněte zde pro zvukový klip !Xóõ). Vyhynulý !Kwi dialekty Jižní skupiny, jako je | Xam, ǁXegwi ,ngng, a / ‚ Auni, se mluvilo v Jižní Africe; z !Kwi dialekty, pouze ǂKhomani je stále mluvený, několik jedinců v provincii Severní Kapsko (klikněte zde pro zvukový klip jazyka ǂKhomani). Jazyk jihovýchodní Botswany s méně než 100 mluvčími sdílí rysy s jižní i Ju skupinou. Ve východní Africe, Sandawe je mluvený 70,000 lidé v Tanzanii severozápadně od Dodoma, a Hadza je mluvený asi 800 v severo-centrální Tanzanie poblíž jezera Eyasi. Klikněte zde pro zvukový klip jazyka / Gui a zde pro klip Ju.
hypotéza genetického vztahu mezi všemi těmito jazyky vede k postulaci makro-Khoisanské rodiny reprezentované ve formě rodokmenu. Tečkovaná čára spojující Hadzu s kořenem odráží nejistotu ohledně jejího členství v rodině, a zarovnání samostatných větví Sandawe a Kwadi vedle skupiny khoe předpokládá možné, ale vzdálené spojení mezi těmito větvemi. Důkazy pro podskupinu geneticky příbuzných jihoafrických jazyků Khoisan ve stromu jsou, nicméně, velmi tenký a tak nerovnoměrné kvality, že byla zpochybněna realita makro-Khoisanské rodiny. Konvenční metody lingvistického srovnání aplikované mezi hlavními skupinami khoisanských jazyků nedokázaly poskytnout pravidelné zvukové korespondence, což by umožnilo rekonstrukci společných kořenů; a sdílené inovace v gramatické struktuře,které jsou považovány za nejlepší zdroj důkazů pro postulování jazykových vztahů, frustrovaně, chybí. Tabulka ilustruje tento problém několika základními slovy z hlavních subdivizí. Ohromující dojem je radikálních rozdílů mezi skupinami. Slovo pro „buffalo“ ukazuje Sandaweův odkaz na skupinu Khoe, ale podobná forma v Ju je pravděpodobně spíše půjčkou ze sousedního jazyka Khoe než zděděnou formou od společného předka. Podobnost mezi Khoe a !Xóõ formy pro „pití“ a „smích“ naznačují možné zvukové korespondence mezi samohláskami a souhláskami, ale tato podobnost se nevztahuje na další slova ve dvou skupinách. Shodné rozdíly mezi formami Ju pro „pití“ a „smích“ na jedné straně a Khoe/!Xóõ formy na straně druhé jsou zajímavé, ale protože se nedaří zobecnit, zůstávají pouze dráždivé. Nakonec, lingvistická srovnání vedla k příliš málo rozumných korespondencí k vytvoření bezpečných rodinných vztahů mezi jazyky.
odlišný přístup k problému zkoumání jazykové příbuznosti zahrnuje hromadné srovnání slov mezi jazyky v různých skupinách. Umožněním určité flexibility při sdružování významů a slov spíše než trváním na úzké sémantické korespondenci a pravidlech zvukové změny, tato technika přinesla některé sugestivní podobnosti,s několika z nich dokonce přesahujícími jazyky Khoisan do jazyků rodiny Niger-Kongo. Když takové případy zahrnují kliknutí v Khoisan slova odpovídající nonclicks v Niger-Kongo slov, neřešitelný problém click genesis a click loss vyvstává. Je možné, že neschopnost přesvědčivě prokázat Khoisanské jazykové vztahy je funkcí omezení konvenčních a jiných srovnávacích metod proniknout do velké časové hloubky oddělující skupiny.