日本ででで
půda actinomycete Kocuria Rhizophila je kokoidní, gram-pozitivní bakterie. Patří do čeledi Micrococcaceae v podřádu Micrococcineae, divergentní bakteriální skupina, pro kterou je v současné době k dispozici pouze omezené množství genomických informací. Typový kmen k. rhizophila (DSM 11926T)byla izolována z rhizosféry úzkolistého úlovku (Typha angustifolia). Rod Kocuria byl vytvořen z rodu Micrococcus na základě fylogenetické a chemotaxonomické disekce rodu Micrococcus. Členové rodu Kocuria byli izolováni z celé řady přírodních zdrojů, včetně savčí kůže, půda, rhizosféra, fermentované potraviny, klinické vzorky, sladká voda a mořské sedimenty. K. rhizophila ATCC 9341, dříve Micrococcus luteus, je označen jako kmen kontroly kvality v řadě aplikací, včetně testů citlivosti pro různé antibiotika. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) byl odvozen z IFO 12708 a charakterizován jako kmen vykazující toleranci vůči široké škále organických rozpouštědel. Malá velikost genomu, schopnost rychle růst a při vysoké hustotě buněk a robustnost buněk v různých růstových podmínkách by byly velmi výhodné pro vývoj bakteriálního biokonverzního systému, který by mohl být použit v drsných podmínkách, jako jsou organická rozpouštědla.
sekvenování a anotace genomu k. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) odhalilo jediný Kruhový chromozom (2 697 540 bp; obsah G+C 71,16%) obsahující 2 356 predikovaných genů kódujících proteiny. Většina předpokládaných proteinů (87.7%) byly ortologní vůči aktinobakteriálním proteinům a genom vykazoval poměrně dobrou syntézu s taxonomicky příbuznými aktinobakteriálními genomy. Na druhé straně se zdá, že genom kóduje mnohem menší množství proteinů nezbytných pro sekundární metabolismus (jeden každý z nonribozomální peptidové syntetázy a polyketidsyntázy typu III), transkripční regulace a laterální přenos genů, což odráží malou velikost genomu. Přítomnost pravděpodobných metabolických drah pro transformaci fenolických sloučenin generovaných rozkladem rostlinných materiálů a přítomnost velkého počtu genů spojených s membránovým transportem, zejména transportérů aminokyselin a efluxních pump léčiv, může přispět k využití kořenových exsudátů v organismu a také k toleranci k různým organickým sloučeninám.
tato práce byla provedena v rámci projektu „Rozvoj technologické infrastruktury pro průmyslové Bioprocesy“ nové organizace pro rozvoj energie a průmyslových technologií (NEDO) v Japonsku.
Photo by
Dr. Tamura (NBRC, NITE)
na začátek stránky
Int J Syst Bacteriol 49 Pt 1:167-73. Taxonomic dissection of the genus Micrococcus : Kocuria gen. nov., Nesterenkonia gen. nov., Kytococcus gen. nov., Dermacoccus gen. nov., and Micrococcus Cohn 1872 gen. emend. Stackebrandt, E., C. Koch, O. Gvozdiak, and P. Schumann. (1995)
Int. J. Syst. Bacteriol. 45:682-692. Reclassification of ATCC 9341 from Micrococcus luteus to Kocuria rhizophila. Tang, J. S., and P. M. Gillevet. (2003)
Int J Syst Evol Microbiol 53:995-7. The cell structural properties of Kocuria rhizophila for aliphatic alcohol exposure. Fujita, K., Hagishita, T., Kurita, s., Kawakura, y., Kobayashi, y., Matsuyama, A. and Iwahashi, h. (2006)
enzym Microb. Technol. 39:511-518.
2 697 540 bp
2,356
71.2%
DOGAN
*: NBRC je zkratka pro „Centrum biologických zdrojů NITE“.
adresa URL NBRC je http://www.nbrc.nite.go.jp/e/index.html. Distribuce našich mikrobiálních genomických dna v centru biologických zdrojů Národního technologického a evaluačního Institutu (Nite Biological Resource Center, začleněná administrativní agentura)distribuujeme mikrobiální genomovou DNA.
zpět na seznam
