kazuistika
pacientkou byla 3letá dívka s celkovou formou tlustého střeva Hirschsprungovy choroby. 2. den života (27. dubna 2006) byla provedena nouzová operace okluze tenkého střeva v důsledku atrézie s odstraněním 31 cm tenkého střeva, následovaná terminální ileostomií a kolostomií. Poté byla nutná celková parenterální výživa. Dne 25. srpna 2006 byl zaveden subkutánní implantovatelný cévní Přístupový port (Cook Spectrum Central Venous Catheter, Cook Ireland Ltd.) byl umístěn pro domácí parenterální výživu po náhodném odstranění katétru Nutricath (Vygon, Francie).
o čtyři měsíce později (prosinec 2006) byla pozorována první septická epizoda se sedmi pozitivními vzorky krve odebranými katétrem a z periferní žíly. Horečka rychle ustoupila po zahájení antimikrobiální léčby kombinující vankomycin (40 mg / kg tělesné hmotnosti / den, 10 dní) a gentamicin (3 mg/kg/den, 2 dny). Krevní izoláty byly nejprve identifikovány jako Micrococcus spp. použitím rutinních biochemických galerií a následně jako Kocuria rhizophila pomocí molekulárních nástrojů. Poté bylo pozorováno sedm dalších septických epizod s k. rhizophila (dvě v roce 2007, čtyři v roce 2008 a jedna v roce 2009) a vyřešeno stejnou antimikrobiální terapií. Vzhledem k tomu, že se předpokládalo, že kolonizace katétru byla příčinou sepse, ethanolové zámky (70% ethanolu bylo vštípeno do lumenu katétru po dobu 12 hodin a poté bylo odebráno z lumenu katétru; poté byl proveden izotonický proplach chloridu sodného) v katétru během posledních čtyř epizod spojených se systémovými antibiotiky (17). V době poslední septické události v roce 2009 byla detekována a opravena díra v katétru pomocí specifické opravné sady. Po dubnu 2009 nebyla pozorována žádná nová septická epizoda.
během 3letého období (2007 až 2009) bylo pomocí trojrozměrného (3D) systému BacT/Alert (bioMérieux, Marcy l ‚ Etoile, Francie) získáno celkem 22 pozitivních krevních kultur, přičemž 21 vzorků bylo odebráno z katétru a jeden z periferní žíly. Všechny kultury přinesly grampozitivní koky vyskytující se ve dvojicích, tetradech a shlucích, které byly předběžně identifikovány jako druhy Mikrokoků se základními charakteristikami. Kolonie rostly za aerobních podmínek a vypadaly hladké a kruhové s citronově žlutým nádechem nebo krémovou barvou na krevním agaru. Izoláty byly katalázově pozitivní, oxidázově negativní, citlivé na bacitracin a rezistentní na furazolidon. Bylo zjištěno pouze několik pozitivních reakcí s galerií staph ID 32 (bioMérieux), což vedlo ke vzniku Staphylococcus auricularis se slabou pravděpodobností 57%. V letech 2006 a 2007 byl klinický kmen považován za Micrococcus bez dalšího zkoumání v procesu identifikace. V roce 2008 jsme použili kartu Vitek 2 ID-GPC (bioMérieux), která poskytla varianty Kocuria se zjevným „vynikajícím“ skóre spolehlivosti (98%). Ukázalo se pouze jediný nesourodý test (močovina), protože se u tohoto druhu jevil jako negativní, zatímco u 87% izolátů k. varians by měl být pozitivní. Abychom objasnili tento nesourodý test a potvrdili k. varianty, použili jsme 16S rRNA genovou analýzu. Extrakce DNA a analýza sekvence genu rRNA 16S byla provedena, jak bylo popsáno výše (16). Postup byl proveden na 11 klinických izolátech: čtyři byly získány v roce 2006, šest v roce 2008 a jeden v roce 2009. Překvapivě všechny získané sekvence ukázaly úplnou identitu k. rhizophila uloženou v databázi nukleotidů GenBank. 16S rRNA genová sekvence izolátu k. rhizophila vykazovala podobnost 98% (457/466)s podobností genu 16S rRNA kmene k. rhizophila DC22201 (GenBank accession no. NC010617) a vykazoval podobnost se sekvencemi dalších 10 kmenů k. rhizophila, včetně kovacsova historického typu kmen k. rhizophila TA68T (GenBank accession no. NR_026452; podobnost 99%) a Micrococcus luteus NCTC 2665 (přístupové číslo GenBank. NC012803; podobnost 93%). Ostatní druhy Kocuria vykazovaly podobnost 451/462 pro Kocuria carniphila a 452/467 pro kocuria marina. Nakonec a nedávno jsme použili matricovou laserovou desorpční ionizaci – čas letové hmotnostní spektrometrie (MALDI-TOF MS), jak bylo popsáno výše (6), potvrzující kmen jako k. rhizophila. Spektrální profily čtyř klinických izolátů byly identické se spektrálním profilem kmene typu k. rhizophila (obr. 1) a zcela odlišné od profilů kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea a kocuria varians, všechny přítomné v databázi Andromas. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg / litr pro vankomycin a 1 mg / litr pro teikoplanin.
MALDI-TOF MS spektrální profily. První čtyři řádky, čtyři klinické k. rhizophila izoluje od našeho pacienta; poslední řádek, kmen typu k. rhizophila použitý v databázi Andromas.
klinické izoláty genotypizace s libovolně primovanou technikou PCR vyžadovaly prodloužené doby rampy, jak uvádí Ellinghaus et al. (8). Bylo provedeno na 9 reprezentativních izolátech osmi septických epizod a vykazovalo stejný vzorec, představující klonální k. kmen rhizophila se zotavil po dobu 3 let (obr. 2).
libovolně primované PCR vzory kmenů k.rhizophila. Pruhy: M, Dna žebřík; 1, typový kmen DSM 11926; 11, k. rhizophila od jiného pacienta (kmeny z pruhů 1 a 11 nesouvisejí); 2 a 3, dva izoláty z první septické epizody; 4, izolovat od druhé epizody; 5, izolovat od třetí epizody; 6, izolovat od čtvrté epizody; 7, izolovat od páté epizody; 8, izolovat od šesté epizody; 9, izolovat od sedmé epizody; 10, izolovat od poslední septické epizody;; 12, negativní kontrola. Pruhy 2 až 10 mají podobné vzory, což naznačuje stejný kmen.
Mikrokokové druhy byly nalezeny v prachu, půdě, vodě a potravinách a na kůži a sliznici lidí a zvířat. Bylo také zjištěno, že členové těchto skupin druhů způsobují infekce, jako je meningitida, endokarditida a pneumonie, zejména u imunokompromitovaných pacientů, a infekce související s implantovanými nebo vloženými prostředky (18, 21, 30). Mezi nedávno zavedeným rodem Kocuria jsou zdokumentované případy infekcí u lidí omezené. Typový druh K. bylo hlášeno, že rosea způsobuje bakterémii související s katétrem (2). Bylo také hlášeno, že další člen rodu, k. kristinae, způsobuje bakterémii související s katétrem u pacientů s rakovinou vaječníků (3) nebo akutní cholecystitidou (14). V roce 2009 byly Lee et al hlášeny dva případy peritonitidy způsobené k.marina. (12). V poslední době, v roce 2010, Lai et al. (11) hlášená bakterémie související s katétrem a infekční endokarditida způsobená Kocuria sp., zatímco Tsai a kol. (27) hlásil infekci k.varians spojenou s mozkovým abscesem.
Zatímco K. rhizophila byla izolována z potravin, jako je sýr (7) a kuřecí maso (1), podle našich znalostí je náš případ druhou zprávou o lidské infekci k.rhizophila po první, kterou popsali Becker et al. v roce 2008 (4). Zatímco zdroj našeho 3letého přetrvávajícího kmene k. rhizophila byl nejasný, je možné, že byl součástí rezidentní kožní flóry pacienta a několikrát kolonizoval intravaskulární zařízení. Dlouhodobé intravaskulární zařízení (3 roky) pravděpodobně poskytlo výklenek pro přetrvávající kmen k.rhizophila, opakující se otvorem v zařízení. Zdálo se, že oprava poškozeného zařízení až dosud zabránila vzniku jakékoli nové septické epizody. Celý personál oddělení je nyní často připomínán přísným uplatňováním aseptického protokolu týkajícího se řízení centrálního žilního katétru. V současné době je dítě v dobrém zdravotním stavu a má vždy tekuté stolice. Parenterální výživa by mohla být snížena na 5 dní v týdnu.
galerie ID 32 Staph neumožnila spolehlivou identifikaci k. rhizophila protože databáze této komerčně dostupné diagnostické sady zahrnuje pouze omezený počet mikrokokových druhů, nepokrývá nedávno popsané druhy a neodráží taxonomii stanovenou Stackebrandtem a kol. (23). Vítek 2 ID-GP karta dvojznačně identifikovala několik druhů Kocuria (k. varians, k. kristinae a k. rosea), ale ne k. rhizophila. Kromě toho není nesprávná identifikace koagulázově negativních stafylokoků jako Kocurie pomocí standardní biochemické analýzy systémem Vitek 2 neobvyklá kvůli fenotypové variabilitě (5). Naproti tomu použití 16S rRNA genové analýzy nebo MALDI-TOF MS bylo dostatečné k získání přesné identifikace k.rhizophila.
v současné době je k dispozici jen málo údajů o antimikrobiální citlivosti kocuria spp. nebo jiné mikrokoky a navíc nebyl dosud definován žádný obecně uznávaný terapeutický režim pro závažné infekce. V roce 1995 von Eiff et al. (29) stanovené Mic několika léčiv na 188 mikrokokových kmenech: MIC90s (mg/litr) rifampinu, penicilinu, imipenemu, ampicilinu, klindamycinu, cefotaximu, vankomycinu/teikoplaninu a gentamicinu byly ≤0, 031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, a 1, zatímco MIC90s amikacinu, erythromycinu, fosfomycinu a kyseliny fusidové byly >2 mg/litr. V našem případě byl kmen citlivý na vankomycin a gentamicin a kombinace těchto dvou léků vždy umožňovala sterilizaci krevních kultur.
Závěrem lze říci, že pokud je organismus připomínající mikrokoky opakovaně izolován z krevních kultur, je důležité použít jiné prostředky než rutinní biochemické systémy, jako je sekvenování genů rRNA 16S nebo MALDI-TOF MS, k získání přesné identifikace druhů. Doporučuje se také pečlivě ověřit integritu dlouhodobých intravaskulárních zařízení a opravit poškození záchranných centrálních vedení před odstraněním.
přístupové číslo nukleotidové sekvence.
16S rRNA genová sekvence izolátu k. rhizophila byla předložena GenBank pod přístupovým číslem JQ272742.
