sekvence celých genomů pěti kmenů Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 a NCTC7511

oznámení

Kocuria rosea je a non-spor-tvořící, aerobní, oxidáza-negativní, kataláza-pozitivní, gram-pozitivní KOKOIDNÍ bakterie, která roste jako kruhové, hladké, narůžovělé kolonie na živném agaru. Tento organismus je tradičně známý jako saprofyt a běžně existuje v přírodním prostředí (půda ,voda a vzduch) (1). K. rosea je také komensál lidské kůže a orofaryngu a je velmi vzácně lidským patogenem, i když kvůli potenciální nesprávné identifikaci a mikrokokům, které jsou považovány za kontaminanty, může být její role v infekci podceňována (2). K. rosea byla popsána jako oportunní patogen; je známo, že způsobuje onemocnění související se zdravotnickým prostředkem u imunokompetentních a u pacientů se základními stavy, a bylo zapojeno do ojedinělých případů infekce močových cest, bakterémie, endokarditidy a peritonitidy u osob podstupujících peritoneální dialýzu (3-6). Fenotypové a biochemické identifikační techniky nemusí správně identifikovat k. rosea a k vytvoření úplnějšího obrazu onemocnění způsobeného tímto organismem mohou být vyžadovány identifikační metody založené na genomu (2). V současné době existují pouze tři návrhy genomových sekvencí pro kmeny k. rosea. Zde uvádíme další genomové sekvence pěti kmenů uložených v Národní Sbírce typových kultur (NCTC). Tři z těchto genomů byly sestaveny do jednoho contig.

vzhledem k historické povaze kmenů sekvencovaných v této studii je dostupnost metadat omezená. Záznamy NCTC zdůrazňují, že všech pět kmenů bylo izolováno před rokem 1949. Zejména jsou všechny uvedeny ve studii provedené v NCTC na konci 40.let, jejímž cílem bylo poskytnout všudypřítomně užitečný systém klasifikace aerobních katalázově pozitivních grampozitivních koků zkoumáním 431 kmenů pro morfologické vlastnosti, biochemické vlastnosti a citlivost na dva bakteriofágy (7). Je také známo, že NCTC7512, NCTC7514 a NCTC7528 byly kdysi součástí sbírky Kral, jedné z prvních sbírek mikrobiální kultury na světě, která fungovala od roku 1890 do roku 1911.

pět kmenů NCTC bylo získáno z lyofilizovaných ampulí, kultivováno na živném agaru a inkubováno při 37°C po dobu 48 hodin. genomická DNA byla extrahována z čistých kultur pomocí QIAGEN midi kit a 100 / G Genomic-tip (Manchester, UK). Sekvenování celého genomu (WGS) bylo provedeno pomocí platformy Pacific Biosciences (PacBio) RS II. DNA byla zkrácena na 15 kb, následovala příprava knihovny 10 kb-20 kb a sekvenování pomocí chemie C4/P6.

sekvenční čtení bylo sestaveno pomocí HGAP v3 analytického softwaru smrt v2. 3. 0 (8). Pokrytí záhybu na cíl při výběru minimální délky fragmentu pro sestavení bylo nastaveno na 30 a přibližná velikost genomu byla nastavena na 3 Mbp. Sestava byla cirkulována pomocí Circlatoru v1. 1. 3 (9). Nakonec byla kruhovitá sestava vyleštěna pomocí protokolu PacBio RS_Resequencing protocol a toulec v1 softwaru pro analýzu SMRT v2. 3. 0. Automatizovaná anotace byla provedena pomocí Prokka v1. 5 a genus-specific databáze z RefSeq (10). Souhrnné statistiky genomů pěti kmenů jsou uvedeny v tabulce 1.