abstrakt
selvom pattedyrsgenomer er diploide, undersøgte tidligere undersøgelser i vid udstrækning de gennemsnitlige kromatinarkitekturer uden at overveje forskellene mellem homologe kromosomer. Vi genererede Hi-C, ChIP-sekv, og RNA-sekv datasæt fra CD4 T-celler af B6, Cast, og hybridmus, at undersøge diploid kromatin organisation og epigenetisk regulering. Vores data indikerer, at interkromosomale interaktionsmønstre mellem homologe kromosomer er ens, og ligheden er stærkt korreleret med deres alleliske coekspressionsniveauer. Rekonstruktion af 3D-kernen afslørede, at afstande af de homologe kromosomer til centrum af kernen er næsten ens. De inter-kromosomale interaktioner ved centromere-ender er signifikant svagere end dem ved telomer-ender, hvilket antyder, at de er placeret i forskellige regioner inden for kromosomområderne. Størstedelen af A / B-rum eller topologisk associerede domæner (TADs) er konsistente mellem B6 og Cast. Vi fandt, at 58% af haploiderne i hybrider opretholder deres forældrekammerstatus ved B6 / Cast divergerende rum på grund af cis-effekt. Cirka 95% af de trans-udførte B6/Cast divergerende rum konvergerer til den samme rumstatus potentielt på grund af et delt cellulært miljø. Vi viste, at de differentielt udtrykte gener mellem de to haploider i hybrid var forbundet med enten genetiske eller epigenetiske effekter. Sammenfattende leverede vores multi-omics-data fra hybridmusene haploid-specifik information om 3D-nuklear arkitektur og en rig ressource til yderligere forståelse af den epigenetiske regulering af haploid-specifik genekspression.
