Helgenomsekvenser af fem stammer af Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 og NCTC7511

meddelelse

KOCURIA rosea er en ikke-sporeformende, aerob, OKSIDASE-negativ, katalase-positiv, gram-positiv coccoid bakterie, der vokser som cirkulære, glatte, lyserøde kolonier på Næringsagar. Denne organisme er traditionelt kendt som en saprofyt og findes almindeligvis i det naturlige miljø (jord, vand og luft) (1). K. rosea er også en kommensal af menneskelig hud og oropharyngeal og er meget sjældent et humant patogen, men på grund af potentiel fejlidentifikation og mikrococci betragtes som forurenende stoffer, kan dens rolle i infektion undervurderes (2). K. rosea er blevet beskrevet som et opportunistisk patogen; det har været kendt at forårsage medicinsk udstyrsrelateret sygdom hos immunkompetente og hos dem med underliggende tilstande, og det er blevet impliceret i isolerede tilfælde af urinvejsinfektion, bakteriæmi, endokarditis og peritonitis hos dem, der gennemgår peritonealdialyse (3-6). Fænotypiske og biokemiske identifikationsteknikker kan muligvis ikke identificere K. rosea korrekt, og genombaserede identifikationsmetoder kan være nødvendige for at opbygge et mere komplet billede af sygdommen forårsaget af denne organisme (2). I øjeblikket er der kun tre udkast til genomsekvenser tilgængelige for K. rosea-stammer. Her rapporterer vi yderligere genomsekvenser af fem stammer deponeret i National Collection of Type Cultures (NCTC). Tre af disse genomer er blevet samlet i en enkelt contig.

på grund af den historiske karakter af de stammer, der er sekventeret i denne undersøgelse, er tilgængeligheden af metadata begrænset. NCTC-poster fremhæver, at alle fem stammer blev isoleret før 1949. Især er alle dem opført i en undersøgelse udført i NCTC i slutningen af 1940 ‘ erne, hvis formål var at tilvejebringe et allestedsnærværende nyttigt klassificeringssystem for aerob katalase-positive Gram-positive cocci ved at undersøge 431 stammer for morfologiske egenskaber, biokemiske egenskaber og følsomhed over for to bakteriofager (7). Det er også kendt, at NCTC7512, NCTC7514 og NCTC7528 engang var en del af Kral Collection, en af verdens første mikrobielle kultursamlinger, der fungerede fra 1890 til 1911.

de fem NCTC-stammer blev udvundet fra lyofiliserede ampuller, dyrket på næringsagar og inkuberet ved 37 liter C i 48 h. genomisk DNA blev ekstraheret fra de rene kulturer ved hjælp af chiagen midi kit og en 100/G genomisk spids (Manchester, UK). Helgenomsekventering blev udført ved hjælp af Pacific Biosciences (PacBio) RS II platform. DNA blev skåret til 15 kb, efterfulgt af fremstilling af et 10 kb – til 20 kb bibliotek og sekventering ved anvendelse af C4/P6 Kemi.

Sekvenslæsninger blev samlet ved hjælp af HGAP v3 i SMRT-analyseprogrammet v2.3.0 (8). Foldedækningen, der skal målrettes, når man vælger den mindste fragmentlængde til samling, blev indstillet til 30, og den omtrentlige genomstørrelse blev indstillet til 3 Mbp. Samlingen blev cirkuleret ved hjælp af Circlator v1.1. 3 (9). Endelig blev den cirkulerede samling poleret ved hjælp af PacBio rs_resekventeringsprotokol og Kogger v1 i SMRT-analyseprogrammet v2.3.0. Automatiseret annotation blev udført ved hjælp af Prokka v1.5 og en slægtsspecifik database (10). Den sammenfattende statistik over genomerne af de fem stammer er vist i tabel 1.