i December 1990 blev det første tyske frie valg siden den tyske periode tildelt et udvidet flertal på Kohls koalition. Efter 45 års opdeling blev Tyskland igen forenet, og det følgende år hjalp Kohl med at forhandle traktaten om Den Europæiske Union, som etablerede den Europæiske Union (EU) og banede vejen for indførelsen af euroen, EU ‘ s fælles valuta, ved udgangen af årtiet.
opnåelsen af national forening blev snart skygget af en række vanskeligheder, nogle på grund af strukturelle problemer i Den Europæiske Økonomi, andre på grund af omkostningerne og konsekvenserne af selve foreningen. Som det meste af resten af Europa konfronterede Tyskland i 1990 ‘ erne øget global konkurrence, de stigende omkostninger ved dets detaljerede sociale velfærdssystem og stædig arbejdsløshed, især i dets traditionelle industrisektor. Imidlertid stod det også over for de svimlende ekstra udgifter til at forene øst og vest. Disse udgifter var desto mere foruroligende, fordi de tilsyneladende var uventede. Kohl og hans rådgivere havde ikke gjort meget for at forberede de tyske skatteydere på omkostningerne ved forening, dels fordi de frygtede de potentielle politiske konsekvenser, men også fordi de selv blev overrasket over opgavens størrelse. Kernen i problemet var tilstanden i den østtyske økonomi, som var langt værre end nogen havde indset eller indrømmet. Kun en håndfuld østlige virksomheder kunne konkurrere på verdensmarkedet; de fleste var sørgeligt ineffektive og også miljømæssigt destruktive. Som en konsekvens kollapsede den tidligere østtyske økonomi, hundreder af tusinder af østere stod over for arbejdsløshed, og øst blev stærkt afhængig af føderale subsidier. Samtidig krævede infrastrukturen—veje, jernbanelinjer, telefoner og lignende—massive kapitalinvesteringer for at danne grundlag for fremtidig økonomisk vækst. Kort sagt, løftet om øjeblikkelig velstand og økonomisk lighed, som den hurtige og relativt smertefri foreningsproces havde hvilet på, viste sig at være umulig at opfylde. Arbejdsløshed, social dislokation, og skuffelse fortsatte med at hjemsøge den nye L LARP mere end et årti efter faldet af Berlinmuren.
den langvarige økonomiske kløft mellem øst og vest var blot en af flere vanskeligheder ved forening. Ikke overraskende var mange østboere vrede over, hvad de anså for at være vestlig arrogance og ufølsomhed. Udtrykkene Vessi (“vesterlænding”) og Ossi (“easterner”) kom til at antyde forskellige tilgange til verden: den tidligere konkurrencedygtige og aggressive, produktet af, hvad tyskerne kalder Vestens “albuesamfund”; sidstnævnte passive og indolente, produktet af det kommunistiske regimes kvælende sikkerhed. PDS blev den politiske stemme for østlige utilfredshed, med stærk, hvis lokaliseret støtte i nogle af de nye L. Desuden neofascist German People ‘ s Union (Deutsche Volksunion), ledet af millionærudgiver Gerhard Frey, fik betydelig støtte blandt Østtysklands masse arbejdsløse arbejdere. Ud over den vrede og desillusionering over forening, som mange østlige og nogle vesterlændinge følte, var der også problemet med at komme overens med arven efter 40 års diktatur. Østtyskland havde udviklet et stort og effektivt sikkerhedsapparat (Stasi), der beskæftigede et bredt netværk af professionelle og amatørinformanter. Da filerne i denne organisation begyndte at blive offentliggjort, opdagede østtyskere, at mange af deres mest fremtrædende borgere såvel som nogle af deres venner, naboer og endda familiemedlemmer havde været på Stasi-lønningslisten. At komme overens med disse åbenbaringer—lovligt, politisk og personligt—tilføjede spændingen i efterforenings årti.
på trods af de problemer, der deltog i forening, samt en række skandaler i sit eget parti, vandt Kohl en smal sejr i 1994. I 1996 overgik han Adenauer ‘ s rekord som den længst fungerende tyske kansler siden Bismarck. Ikke desto mindre var hans popularitet tydeligt ebbende. Stadig mere intolerant over for kritik inden for sit eget parti LED Kohl et ydmygende nederlag, da hans første valg til formandskabet blev afvist. I stedet blev den romerske Hercog, præsidenten for den føderale forfatningsdomstol, valgt i maj 1994 og udførte sine opgaver effektivt og yndefuldt. Da Tyskland forberedte sig på valget i 1998, vaklede økonomien—arbejdsløsheden overgik 10 procent og var dobbelt så stor som i store dele af det østlige Tyskland—og nogle medlemmer af Kohls parti håbede åbent, at han ville træde til side til fordel for en ny kandidat; i stedet løb kansleren igen, og hans koalition blev besejret og sluttede hans 16-årige kanslerskab. Kohl blev erstattet som kansler af Gerhard Schr Krisder, den pragmatiske og fotogene leder af SPD, som dannede en koalition med Det Grønne Parti.