Lathrop deltog Vassar College, eksamen i 1880. I løbet af de næste 10 år arbejdede hun på sin fars advokatkontor og interesserede sig for forskellige reformbevægelser. I 1890 flyttede hun til Chicago og sluttede sig til Jane Addams på den nyetablerede Hull House settlement. I Juli 1893, kl guvernør John P. Altgelds udnævnelse, indtog hun en plads i Illinois Board of Charities. Det var hendes første mulighed for at påtage sig den slags vanskelige, detaljeret, og lidenskabeligt hengiven arbejde, der ville komme til at karakterisere hendes karriere. Lathrop begyndte straks en personlig inspektion af alle 102 Amts almshouses og gårde i staten. Hun afbrød dette arbejde i løbet af vinteren 1893-94 for at foretage en inspektion af amtets velgørenhedsinstitutioner i Cook county. Hendes skarpe beskrivelser af Cook county infirmary, asylum og andre institutioner blev trykt som et kapitel i Hull-House Kort og papirer (1895). Lathrop blev især forstyrret af behandlingen af psykisk syge, som ofte blev kastet ind hos de fysisk syge uden nogen bestemmelse om at adskille de unge og de gamle. Fra tidspunktet for hendes inspektioner var hun en stærk fortaler for ekstramural pleje af mentale patienter, og senere, i 1909, blev hun chartermedlem i Clifford. I 1901 trak hun sig tilbage fra Illinois Board of Charities i protest mod den lave kvalitet af stabe i de fleste institutioner under dets ansvarsområde. Hun tjente igen i bestyrelsen fra 1905, indtil hendes plan for dens omorganisering blev vedtaget i 1909.
Lathrops interesse for problemet med at finde uddannet personale til personale offentlige institutioner førte hende til at slutte sig til Graham Taylor i organiseringen af Chicago Institute of Social Science i 1903-04. Hun foredragte regelmæssigt på skolen, som kort tid blev omdøbt til Chicago School of Civics and Philanthropy, og i 1907, assisteret af Sophonisba Breckinridge, etablerede hun sin forskningsafdeling og tjente i et år som direktør. Hun fortsatte som administrator af skolen, indtil det blev School of Social Service Administration af University of Chicago i 1920. Hun var også aktiv på andre områder: i 1899 sluttede hun sig til Lucy blomst i kampagnen, der sikrede oprettelsen i Cook county af verdens første ungdomsretssystem. I 1908 sluttede hun sig til Breckinridge og Grace Abbott i dannelsen af Immigrants’ Protective League.
i 1912 udnævnte præsident Taft Lathrop til at lede det nyoprettede Amerikanske Børnebureau for Department of Commerce and Labor. Hun var den første kvinde, der ledede et lovbestemt føderalt bureau ved udnævnelsen af præsidenten med samtykke fra Senatet. Med et begrænset budget og personale foretog hun først en undersøgelse af spædbarnsdødelighed og udviklede en plan for ensartet fødselsregistrering. Præsidiets efterfølgende undersøgelser drejede sig om børnearbejde, mødrepensioner, illegitimitet, ungdomskriminalitet, ernæring og behandling af psykisk handicappede. Efter passage af lov om børnearbejde i 1916 blev der oprettet en Børnearbejdsafdeling inden for Bureauet for at håndhæve den, og Lathrop bragte sin gamle medarbejder Abbott ind for at lede divisionen. (Loven blev erklæret forfatningsstridig i 1918, ligesom en anden lov fra 1919 i 1922.) Under Første Verdenskrig påtog Præsidiet sig yderligere ansvar for børn af soldater og arbejdende mødre og andre anliggender. I løbet af 1918-19 fungerede Lathrop også som præsident for den nationale konference for Socialt Arbejde.
Lathrop kæmpede også hårdt for Sheppard-By Lov, der tilbyder føderale midler til stater til programmer for moderskab og børnepasning, som blev vedtaget kort efter hendes fratræden af sundhedsmæssige årsager i 1921. (Hun blev efterfulgt af Abbott.) Fra 1922 boede hun i Rockford, Illinois. I det år blev hun valgt til præsident for Illinois League of female Voters, og samme år blev hun udnævnt til en præsidentkommission, der undersøgte forholdene på immigrationsstationen på Ellis Island, Ny York. Hun bidrog med artikler til forskellige tidsskrifter og et kapitel til barnet, klinikken og retten (1925). Fra 1925 til 1931 fungerede hun som assessor for Folkeforbundets Børnevelfærdsudvalg.
