Kekkei genkai (bogstaveligt talt betyder “en teknik begrænset til arv ved blod” eller “blodlinjegrænse”) er evner, der overføres genetisk i specifikke klaner. Det er muligt for en ninja at have mere end en af disse evner. Kekkei genkai-evner, der fungerer via brugerens øje, kaldes D-Kristian. Andre kekkei genkai inkluderer blanding af en type elementært chakra med en anden, hvilket skaber en ny, der er unik for brugerne, hvilket normalt er umuligt for normal ninja.
Kekkei genkai og deres relaterede teknikker kan ikke læres eller kopieres af andre. Kekkei genkai kan dog gives til andre. D, eller andre kekkei genkai isoleret til et enkelt organ, kan transplanteres i kroppen af en anden. Brug af disse organer kræver meget mere chakra end nogen født med kekkei genkai. Chakraelementer kan også overføres til mennesker uden for klanen ved at gennemgå en DNA-modifikation for at erhverve Frigivelsesteknikken. Imidlertid, personer dygtighed i at bruge det ville ikke være nær så kraftig som den oprindelige praktiserende læge.
selvom kekkei genkai ‘ er normalt genetisk deles inden for en bestemt klan, er det undertiden unikt for en person alene, og at selv familie slægtninge ikke deler det. Endnu andre kekkei genkai synes at forekomme hos personer uden kendt relation, såsom Lava Release, som har optrådt i ninja fra Kirigakure, Ivagakure og Kumogakure, mens Magnet Release, som har optrådt i ninja fra både Kumogakure og Sunagakure.
