i det andet årtusinde f.kr. var territorierne mellem Kama og Irtysh-floderne hjemsted for en Proto-Uralisk-talende befolkning, der havde kontakter med Proto-Indo-europæiske talere fra syd. Indbyggerne i områderne var af europæisk bestand, men Khanty er overvejende Uraloid. Skovbefolkningen er forfader til de moderne ugriske indbyggere i Trans-Uralia. Nogle anser khantys forfædre for at være den forhistoriske metalbearbejdning Andronovo Kultur. Andre forskere siger, at Khanty-folket stammer fra den sydlige Ural-steppe og flyttede nordpå til deres nuværende placering omkring 500 E.kr.
Khanty vises sandsynligvis i Russiske optegnelser under navnet Yugra (ca. 11. århundrede), da de havde kontakt med russiske jægere og købmænd. Navnet kommer fra det Komi-syriske sprog J. K. (‘Khanty’). Det er også muligt, at de først blev optaget af den engelske konge Alfred den store (ca. 9. århundrede), der ligger Fenland (vådområde) øst for Det Hvide Hav i det vestlige Sibirien. Det ældre russiske navn Ostyak er fra Khanty as-kho ‘person fra Ob (as)- floden’ med-yak efter andre etniske udtryk som Permyak.
nogle Khanty–prinsesser blev delvist inkluderet i Sibirien Khanate fra 1440 ‘erne-1570’ erne.
i det 11.århundrede var Yugra faktisk et udtryk for adskillige stammer, der hver havde sit eget centrum og sin egen chef. Hver Stamme havde to eksogamiske fratrier, betegnet mon ‘ t ‘ og por, og alle medlemmer blev anset for at være blodrelaterede. Denne struktur blev senere erstattet med klaner, hvor hver klanleder (knyasets) forhandlede med det russiske rige. De deltog også i Russiske kampagner og modtog retten til at indsamle yasak (hyldest) fra henholdsvis to Khanty volosts (distrikter). Da denne struktur ikke længere var nødvendig, fratog Rusland dem deres privilegier.
mellem det 17.og 19. århundrede var der forsøg på at introducere kristendommen, men Khanty-livsstilen gennemgik ingen reelle ændringer. I anden halvdel af det 19.århundrede accepterede de gradvist statslov.
i sovjetperioden var Khanty en af de få indfødte mindretal i Sibirien, der fik en autonomi i form af et okrug (autonomt distrikt). Etableringen af autonomi har spillet en betydelig rolle i konsolideringen af etnos (de vestlige Khants kaldte deres østlige naboer kant krank ). I 1930 ‘ erne blev den sovjetiske stat imidlertid gjort en samordnet indsats for at kollektivisere dem. De indledende faser af dette betød henrettelsen af stammehøvdinge, der blev mærket “kulaks”, efterfulgt af henrettelsen af shamaner. Bortførelsen af staten af de børn, der blev sendt til russisktalende kostskoler, fremkaldte et nationalt oprør i 1933 kaldet Kasymoprøret.
efter afslutningen af Stalin-perioden blev denne proces afslappet, og indsatsen blev intensiveret i 1980 ‘erne og 1990’ erne for at beskytte deres fælles territorium mod industriel udvidelse af forskellige ministerier og agenturer. Autonomien har også spillet en vigtig rolle i bevarelsen af den traditionelle kultur og sprog.
