betragtes som den mest forurenede flod i Israel af flere regeringsmyndigheder i sagen, har det været genstand for kontroverser om kampen for at forbedre vandkvaliteten. Forureningen skyldes til dels daglig forurening i over 40 år med kviksølv, andre tungmetaller og organiske kemikalier fra nærliggende kemiske anlæg.
det blev hævdet i 2000, at der er flere kemikalier end vand i floden, og at vask af hænderne i denne flod kan forårsage alvorlige kemiske forbrændinger. Ved flere lejligheder har denne flod (eller rettere sagt pletter af petrokemisk affald på den) taget ild fra de kemiske forurenende stoffer. Under Histadrut Bridge (motorvej 4), Efter at have passeret det petrokemiske industriområde, var pH 3 eller under det meste af tiden i 2001.
en undersøgelse fra 2002 viste, at 3 timers eksponering for Kishon-flodvand for at inducere DNA-skader i regnbueørredleverceller i gennemsnit er tredoblet af uforurenet vand. Især den nedre Kishon, under det petrokemiske industriområde, havde et markant forhøjet genotoksisk potentiale.
en analyse fra 2000 af flodvandet afslørede klorerede forbindelser i udledninger fra raffinaderierne, det kommunale spildevandsrensningsanlæg og fra Haifa Kemikaliegødningsanlæg. Tungmetaller var til stede i udledningerne fra Carmel Olefins og Haifa Chemicals planter. Det øvre flodsystem kan også blandes med genotoksiske materialer fra husholdningsaffald og landbrugsafstrømning, der indeholder pesticider og gødning. Potente genotoksiner, der normalt findes i husholdningsaffald, inkluderer også n-nitroso-forbindelser og aromatiske aminer, som vides at være til stede i humane sanitære udstrømninger såvel som genotoksiske PAH ‘ er, der findes i kommunale udledninger.
fra 4. januar 2016; 1.000.000 kubikmeter om året drikkevand tilsættes til Kishon-floden, & havde nedsat koncentrationer af salte, nitrater, & fosfater, med over 50%. Denne strømning vil blive erstattet af Jesreel Valley springs, da deres strømning fjernes fra kunstvanding.
Oprydningrediger
i 2012 lancerede det israelske ministerium for miljøbeskyttelse et tilbud om at rydde op i Kishon-floden i et projekt, der kostede 220 millioner NIS. Meget af finansieringen til projektet kom fra de virksomheder, der var ansvarlige for forureningen. Det canadiske selskab EnGlobe Corp. begyndte at arbejde i 2012 for at rydde op i floden. Oprydningsprojektet afsluttes i 2015.
Shayetet 13rediger
siden 2001 blev det opdaget, at Shayetet 13 veteraner havde høj forekomst af kræft, sandsynligvis på grund af træning i den forurenede Kishon-flod og Haifa-bugten. En kommission for at undersøge sagen fandt ikke statistiske beviser for, at dykning i Kishon forårsagede kræft. På trods af Kommissionens konklusioner besluttede forsvarsminister, Shaul Mofas, at kompensere dykkernes familier.
