en traditionel Sproglig klassificering af de Sydafrikanske khoisan-sprog opdeler dem i tre effektivt uafhængige grupper: nordlige, centrale og sydlige. Men selv i forhold til Sanda har det altid været uklart; og status for Kvadi, et uddødt sprog i Namibe i det sydvestlige Angola, forbliver usikker. Khoe kan være meget fjernt beslægtet med khoe-gruppen. Inden for hver gruppe finder man mere eller mindre nært beslægtede sprog og dialekter med karakteristiske grammatiske eller leksikale træk, men mellem grupper er der udtalt sproglige forskelle. I en mere raffineret underopdeling af sprogene erstattes de geografiske adjektiver med navnene på ‘person’ i hver større klynge af sprog, så Ju erstatter det nordlige, khoe erstatter det centrale og !Kvi og Taa ekspanderer sydpå.
ju dialekterne !11.000 mennesker hovedsageligt i det nordøstlige Namibia og tilstødende dele af Ngamiland; der kan også være et par talere i det sydlige Angola. Khoe-sprogene-især Khoekhoe-gruppen, der består af Nama (officielt kaldet Khoekhoegoab) af Namibia, med omkring 230.000 talere, og !Ora og Gri (begge uddøde) i Sydafrika—er de mest talrige. Størstedelen af de resterende khoe-sprog og dialekter fra ikke-Khoekhoe (NKK) – gruppen, der i alt omfatter omkring 66.000 talere, findes over hele det vestlige, centrale og nordlige Botvana. Af de såkaldte vestlige NKK-sprog, Naro tales i vest (med et par højttalere i tilstødende dele af Namibia), | Gui og kurtgana tales i det vest-centrale område, og Buga og kurtani tales mod nord i Okavango delta. Det er et af de mest kendte steder i verden, hvor man kan se, at der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder, hvor der er en bred vifte af steder. Shua og Tshua grupper af sprog tales i de østlige dele af landet. Taa-dialekterne i den sydlige gruppe, der består af nært beslægtede sorter af !Der tales af færre end 2.500 mennesker (klik her for et lydklip af !Sprog). Den uddøde !I Sydafrika blev der talt dialekter af den sydlige gruppe, som for eksempel: Auni !Der tales stadig kun af nogle få personer i Northern Cape-provinsen (klik her for et lydklip af det russiske sprog). Med færre end 100 højttalere, deler funktioner med både den sydlige og Ju grupper. I Østafrika tales der af 70.000 mennesker i nordvest for Dodoma, og omkring 800 i nord-centrale del af landet nær Eyasi-søen. Klik her for et lydklip af | Gui-sproget og her for et klip af Ju.
hypotesen om et genetisk forhold mellem alle disse sprog fører til postuleringen af en Makro-Khoisan-familie repræsenteret i form af stamtræet. Den stiplede linje, der forbinder Hadse med roden, afspejler usikkerhed om dets medlemskab i familien, og tilpasningen af Sandaves og Kvadis separate grene sammen med Khoe-gruppen udgør en mulig, men fjern forbindelse mellem disse grene. Beviserne for en undergruppe af genetisk beslægtede Sydafrikanske khoisan-sprog i træet er, imidlertid, meget tynd og af en sådan ujævn kvalitet, at virkeligheden i en Makro-khoisan-familie er blevet stillet spørgsmålstegn ved. Konventionelle metoder til sproglig sammenligning anvendt mellem hovedgrupperne på Khoisan-sprogene har undladt at give regelmæssige lydkorrespondancer, hvilket gør det muligt at rekonstruere fælles rødder; og delte innovationer inden for grammatisk struktur, der betragtes som den bedste kilde til bevis for postulering af sproglige forhold, er frustrerende fraværende. Tabellen illustrerer dette problem med et par grundlæggende ord fra hovedinddelingerne. Det overvældende indtryk er af radikale forskelle mellem grupperne. Ordet for ‘bøffel’ viser Sandaves link til khoe-gruppen, men den lignende form i Ju er sandsynligvis en låntagning fra et nærliggende Khoe-sprog snarere end en arvelig form fra en fælles forfader. Ligheden mellem Khoe og !De forskellige former for ‘drikke’ og ‘grine’ antyder mulige lydkorrespondancer mellem vokalerne og konsonanterne, men denne lighed strækker sig ikke til andre ord i de to grupper. De kongruente forskelle mellem Ju-formerne for’ drikke ‘og’ grine ‘ på den ene side og Khoe/!Men fordi de ikke generaliserer, forbliver de blot forjættende. I sidste ende har sproglige sammenligninger ført til alt for få rimelige korrespondancer til at etablere sikre familieforhold mellem sprogene.
en anden tilgang til problemet med at udforske Sproglig sammenhæng involverer massesammenligninger af ord mellem sprog i de forskellige grupper. Ved at tillade en vis fleksibilitet i at forbinde betydninger og ord i stedet for at insistere på tætte semantiske korrespondancer og regler for lydændring, har denne teknik givet nogle suggestive ligheder, hvor nogle få af dem endda strækker sig ud over Khoisan-sprogene til sprog fra Niger-Congo-familien. Når sådanne tilfælde involverer klik i Khoisan-ord svarende til ikke-klik i Niger-Congo-ord, opstår det uhåndterlige problem med klikgenesis og kliktab. Det er muligt, at manglen på at demonstrere khoisan sproglige forhold overbevisende er en funktion af begrænsningerne ved konventionelle og andre komparative metoder til at trænge ind i den store tidsdybde, der adskiller grupperne.