Kocuria jordstængler dc2201(= NBRC 103217)

liter

jorden actinomycete kocuria jordstængler er en coccoid, gram-positiv bakterie. Det hører til familien Micrococcaceae i underordenen Micrococcineae, en divergerende bakteriegruppe, for hvilken kun begrænset mængde genomisk information i øjeblikket er tilgængelig. Typen stamme af K. jordstængler (DSM 11926t) blev isoleret fra jordstænglen af smalbladet cattail (Typha angustifolia). Slægten Kocuria blev skabt af slægten Micrococcus på basis af den fylogenetiske og kemotaksonomiske dissektion af slægten Micrococcus. Medlemmer af slægten Kocuria blev isoleret fra en lang række naturlige kilder, herunder pattedyrshud, jord, jordstænglen, gærede fødevarer, kliniske prøver, ferskvand og marine sedimenter. K. ATCC 9341, tidligere Micrococcus luteus, er udpeget som en kvalitetskontrolstamme i en række applikationer, herunder følsomhedsanalyser for en række antibiotika. K. jordstængler dc2201 (= NBRC 103217) blev afledt af IFO 12708 og karakteriseret som en stamme, der udviser tolerance over for en lang række organiske opløsningsmidler. Den lille genomstørrelse, evnen til at vokse hurtigt og ved høj celletæthed og cellernes robusthed ved forskellige vækstbetingelser ville være yderst fordelagtigt for udviklingen af bakterielt biokonverteringssystem, som kunne anvendes under barske forhold, såsom i organiske opløsningsmidler.

sekventering og annotation af genomet af K. jordstængler DC2201 (= NBRC 103217) afslørede et enkelt cirkulært kromosom (2.697.540 bp; G+C-indhold på 71,16%) indeholdende 2.356 forudsagte proteinkodende gener. De fleste af de forudsagte proteiner (87.7%) var ortolog over for actinobakterielle proteiner, og genomet viste ret god synteni med taksonomisk relaterede actinobakterielle genomer. På den anden side synes genomet at kode meget mindre antal proteiner, der er nødvendige for sekundær metabolisme (en hver af ikke-ribosomal peptidsyntetase og type III polyketidsyntase), transkriptionel regulering og lateral genoverførsel, hvilket afspejler den lille genomstørrelse. Tilstedeværelsen af sandsynlige metaboliske veje til transformation af phenolforbindelser genereret ved nedbrydning af plantematerialer og tilstedeværelsen af et stort antal gener associeret med membrantransport, især aminosyretransportører og lægemiddeludstrømningspumper, kan bidrage til organismens udnyttelse af rodekssudater såvel som tolerancen over for forskellige organiske forbindelser.

dette arbejde blev udført som en del af projektet “Udvikling af en teknologisk infrastruktur til industrielle bioprocesser” fra den nye organisation for udvikling af energi og industriel teknologi (NEDO), Japan.

foto af
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

til side Top