i midten af 1610 ‘ erne fornyede Shah Abbas i sin indsats for at bringe Georgien mere fuldstændigt ind i Safavid-imperiet og udsatte Kakheti for gentagne invasioner i 1614, 1615 og 1616. I en række georgiske oprør og iranske repressalier blev tres til halvfjerds tusind mennesker dræbt, og mere end hundrede tusinde kaketiske bønder blev tvangsdeporteret til Iran. Befolkningen i Kakheti faldt med to tredjedele; engang blomstrende byer, som Gremi og Agemi, faldt til ubetydelige landsbyer; landbruget faldt, og handel stoppede.: 50-51 i 1648 var den utrættelige Taimuras endelig blevet fjernet fra Kakheti. Safavid-regeringen strammede sin kontrol over Kakheti, implementerede en politik for at erstatte den indfødte befolkning med nomadiske tyrkiske stammer. På samme tid begyndte Dagestani-bjergbestigere at angribe og kolonisere Kakhetian marchlands.
i 1659 iscenesatte Kakhetianerne et generelt oprør, der modvirkede Safavid-planer om at bosætte titusinder af Turkomanere i Kakheti. Alligevel forblev Kakheti under Irans politiske kontrol; de tre aristokratiske ledere af oprøret overgav sig og blev henrettet. Nogle år senere Vakhtang V Shah-Nav, en muslimsk georgisk konge/vali af Kartli, formåede at få shahens tilladelse til at installere sin søn Archil som konge/vali i Kakheti. For en tid var de to kongeriger i det østlige Georgien næsten forenet under Shah-nav og hans søn, og en periode med relativ fred fulgte. Ved at gøre byen Telavi til sin hovedstad i stedet for Gremi, som blev ødelagt af de iranske invasioner, satte Archil sig for at gennemføre et genopbygningsprogram. Den lovende situation var imidlertid af kort varighed. Archils opstigning i Kakheti markerede begyndelsen på en rivalisering mellem de to Bagrationi – grene-Mukhrani, som Archil tilhørte, og Kakhetis hus, der blev frataget kronen i teimuras I. Dette sidstnævnte hus lykkedes endelig på bekostning af deres Frafald til Islam at genoprette sig selv i 1703 og regerede fremover efter deres Safavid-overherres glæde. Dette viste sig imidlertid at være til ringe fordel, og kongeriget blev fortsat plaget af de uophørlige Dagestani-indhug.
fra 1724 til 1744 blev Kakheti udsat for de successive osmanniske og iranske besættelser. Den tjeneste, der blev ydet af den kaketiske prins Teimuras II til Nader Shah af Iran i kampen mod osmannerne, resulterede imidlertid i en annullering af den store hyldest, som Kakheti betalte til den iranske domstol i 1743. I 1744, som en belønning for deres loyalitet, Nader tildelt kongedømmet Kartli til Teimuras II og Kartli til sin søn Erekle II. begge monarker blev kronet i overensstemmelse med en kristen tradition i 1745. De udnyttede uroen i Iran, der fulgte Naders mord i 1747 og etablerede sig som næsten uafhængige herskere. Deres styre hjalp med at stabilisere landet; økonomien begyndte at genoplive, og Dagestani-angrebene blev reduceret, men ikke elimineret. Da Teimuras døde den 8.januar 1762, efterfulgte Erekle ham og forenede det østlige Georgien som en enkelt stat for første gang i næsten tre århundreder i form af Kongeriget Kartli-Kakheti.
