Das Institut wurde 1934 als Abteilung für Archäologie der Hebräischen Universität Jerusalem gegründet. 1967 wurde es zum Institut für Archäologie. Heute ist das Institut eine eigenständige Forschungs- und Lehreinheit innerhalb der Fakultät für Geisteswissenschaften, mit einem Personal, das administrative und wissenschaftliche Unterstützung sowie die technischen Einrichtungen zur Durchführung seiner Forschungsprojekte zur Verfügung stellt. Akademische Programme umfassen Studien für B.A., M.A. und Ph.D. abschlüsse in prähistorischer, biblischer und klassischer Archäologie, Zivilisationen des Alten Orients und Computerarchäologie.
Seit seiner Gründung als Abteilung für Archäologie hat das Institut in vielen großen archäologischen Bemühungen und interdisziplinäre Forschungsprogramme zusätzlich zu seiner Rolle als Lehr- und Ausbildungseinrichtung beteiligt. Ausgrabungen an wichtigen prähistorischen und historischen Stätten haben viele der aktuellen Paradigmen in der israelischen Archäologie geprägt und zu einem besseren Verständnis des vergangenen menschlichen Verhaltens beigetragen.Viele der von Institutsmitgliedern durchgeführten Ausgrabungen werden in der Qedem-Reihe des Instituts berichtet und veröffentlicht.
Die Abteilung war in Mt. Scopus bis 1948, als es auf den neuen Campus in Giv’at Ram und in ein Gebäude umzog, das von den belgischen Freunden der Hebräischen Universität gestiftet und zu Ehren von Königin Elizabeth von Belgien benannt wurde. Nach dem Krieg von 1967 zog die Abteilung in ihr ursprüngliches Gebäude auf dem Berg zurück. Scopus, und wurde das Institut für Archäologie. Dank einer großzügigen Spende der Familie Carasso konnte der Forschungstrakt für die wachsende Antikensammlung und die zunehmenden Forschungsaktivitäten umgebaut und erweitert werden. Mit einer zusätzlichen Spende der belgischen Freunde der Hebräischen Universität wurde der Lehrtrakt wieder aufgebaut und zu Ehren von Königin Elizabeth von Belgien benannt. Dieser Flügel enthält auch die neu renovierte Emery und Claire Yass Bibliothek und Dia-Sammlung des Instituts.
Das Institut bietet seinen Forschern sowie externen Wissenschaftlern konservatorische und fotografische Dienstleistungen an. Beide Labore wurden kürzlich renoviert und mit modernsten Einrichtungen ausgestattet
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