Zusammenfassung
Obwohl Säugetiergenome diploid sind, haben frühere Studien die durchschnittlichen Chromatinarchitekturen eingehend untersucht, ohne die Unterschiede zwischen homologen Chromosomen zu berücksichtigen. Wir haben Hi-C-, ChIP-Seq- und RNA-seq-Datensätze aus CD4-T-Zellen von B6-, Cast- und Hybrid-Mäusen generiert, um die diploide Chromatinorganisation und epigenetische Regulation zu untersuchen. Unsere Daten zeigen, dass interchromosomale Interaktionsmuster zwischen homologen Chromosomen ähnlich sind, und die Ähnlichkeit korreliert stark mit ihren allelischen Coexpressionsniveaus. Die Rekonstruktion des 3D-Kerns ergab, dass die Abstände der homologen Chromosomen zum Kernzentrum fast gleich sind. Die interchromosomalen Wechselwirkungen an Zentromerenden sind signifikant schwächer als die an Telomerendendies deutet darauf hin, dass sie sich in verschiedenen Regionen innerhalb der Chromosomengebiete befinden. Die Mehrheit der A / B-Kompartimente oder topologisch assoziierten Domänen (TADs) ist konsistent zwischen B6 und Cast. Wir fanden heraus, dass 58% der Haploiden in Hybriden aufgrund des Cis-Effekts ihren elterlichen Kompartimentstatus bei B6 / Cast divergenten Kompartimenten beibehalten. Etwa 95% der trans-affektierten B6 / Cast-divergenten Kompartimente konvergieren möglicherweise aufgrund einer gemeinsamen zellulären Umgebung in denselben Kompartimentstatus. Wir zeigten, dass die differentiell exprimierten Gene zwischen den beiden Haploiden im Hybrid entweder mit genetischen oder epigenetischen Effekten assoziiert waren. Zusammenfassend lieferten unsere Multi-Omics-Daten von den Hybridmäusen haploidspezifische Informationen über die 3D-Kernarchitektur und eine reichhaltige Ressource für das weitere Verständnis der epigenetischen Regulation der haploidspezifischen Genexpression.
