Ganzgenomsequenzen von fünf Stämmen von Kocuria rosea, NCTC2676, NCTC7514, NCTC7512, NCTC7528 und NCTC7511

ANKÜNDIGUNG

Kocuria rosea ist ein nicht sporenbildendes, aerobes, Oxidase-negatives, Katalase-positives, grampositives Kokkoidbakterium, das als kreisförmige, glatte, rosafarbene Kolonien auf Nähragar wächst. Dieser Organismus ist traditionell als Saprophyt bekannt und kommt häufig in der natürlichen Umgebung (Boden, Wasser und Luft) vor (1). K. rosea ist auch ein Kommensal der menschlichen Haut und des Oropharynx und ist sehr selten ein menschlicher Erreger, obwohl aufgrund möglicher Fehlidentifikation und Mikrokokken, die als Kontaminanten angesehen werden, seine Rolle bei der Infektion unterschätzt werden könnte (2). K. rosea wurde als opportunistischer Erreger beschrieben; es ist bekannt, dass es bei Immunkompetenten und Personen mit Grunderkrankungen Erkrankungen im Zusammenhang mit Medizinprodukten verursacht, und es wurde in Einzelfällen mit Harnwegsinfektionen, Bakteriämie, Endokarditis und Peritonitis bei Personen in Verbindung gebracht, die sich einer Peritonealdialyse unterziehen (3-6). Phänotypische und biochemische Identifikationstechniken können K. rosea nicht korrekt identifizieren, und genombasierte Identifikationsmethoden können erforderlich sein, um ein vollständigeres Bild der durch diesen Organismus verursachten Krankheit zu erhalten (2). Derzeit sind nur drei Entwürfe von Genomsequenzen für K. rosea-Stämme verfügbar. Hier berichten wir über zusätzliche Genomsequenzen von fünf Stämmen, die in der National Collection of Type Cultures (NCTC) hinterlegt sind. Drei dieser Genome wurden zu einem einzigen zusammenhängenden zusammengesetzt.

Aufgrund des historischen Charakters der in dieser Studie sequenzierten Stämme ist die Verfügbarkeit von Metadaten begrenzt. NCTC-Aufzeichnungen zeigen, dass alle fünf Stämme vor 1949 isoliert wurden. Bemerkenswerterweise sind alle in einer Studie aufgeführt, die Ende der 1940er Jahre im NCTC durchgeführt wurde und deren Ziel es war, ein ubiquitär nützliches Klassifizierungssystem für aerobe Katalase-positive grampositive Kokken bereitzustellen, indem 431 Stämme auf morphologische Eigenschaften, biochemische Eigenschaften und Empfindlichkeit gegenüber zwei Bakteriophagen untersucht wurden (7). Es ist auch bekannt, dass NCTC7512, NCTC7514 und NCTC7528 einst Teil der Kral Collection waren, einer der ersten mikrobiellen Kultursammlungen der Welt, die von 1890 bis 1911 betrieben wurde.

Die fünf NCTC-Stämme wurden aus lyophilisierten Ampullen gewonnen, auf Nähragar kultiviert und 48 h bei 37°C inkubiert. Aus den Reinkulturen wurde mit dem Qiagen midi Kit und einem 100/G Genomic-tip (Manchester, UK) genomische DNA extrahiert. Die gesamte Genomsequenzierung (WGS) wurde unter Verwendung der Pacific Biosciences (PacBio) RS II-Plattform durchgeführt. Die DNA wurde auf 15 kb geschert, gefolgt von der Herstellung einer 10 kb- bis 20 kb-Bibliothek und Sequenzierung unter Verwendung der C4 / P6-Chemie.

Sequenzlesungen wurden mit HGAP v3 der SMRT-Analysesoftware v2.3.0 (8) zusammengestellt. Die Faltabdeckung, die beim Auswählen der minimalen Fragmentlänge für die Assemblierung angestrebt werden soll, wurde auf 30 und die ungefähre Genomgröße auf 3 Mbp festgelegt. Die Montage wurde mit Circlator v1.1.3 (9) zirkularisiert. Abschließend wurde die zirkularisierte Baugruppe mit dem PacBio RS_Resequencing Protokoll und Quiver v1 der SMRT Analysesoftware v2.3.0 poliert. Die automatisierte Annotation wurde unter Verwendung von Prokka v1.5 und einer gattungsspezifischen Datenbank von RefSeq (10) durchgeführt. Die zusammenfassenden Statistiken der Genome der fünf Stämme sind in Tabelle 1 dargestellt.