Im Dezember 1990 verlieh die erste gesamtdeutsche freie Wahl seit der NS-Zeit Kohls Koalition eine erweiterte Mehrheit. Nach 45 Jahren Teilung war Deutschland wieder vereint, und im folgenden Jahr half Kohl bei den Verhandlungen über den Vertrag über die Europäische Union, der die Europäische Union (EU) begründete und den Weg für die Einführung des Euro, der einheitlichen Währung der EU, bis zum Ende des Jahrzehnts ebnete.
Die Verwirklichung der nationalen Einigung wurde bald von einer Reihe von Schwierigkeiten überschattet, die zum einen auf strukturelle Probleme in der europäischen Wirtschaft, zum anderen auf die Kosten und Folgen der Vereinigung selbst zurückzuführen waren. Wie der größte Teil des übrigen Europas sah sich Deutschland in den 1990er Jahren einem zunehmenden globalen Wettbewerb, den steigenden Kosten seines ausgeklügelten Sozialsystems und der hartnäckigen Arbeitslosigkeit, insbesondere in seinem traditionellen Industriesektor, ausgesetzt. Es war jedoch auch mit den erstaunlichen zusätzlichen Kosten der Vereinigung von Ost und West konfrontiert. Diese Ausgaben waren umso beunruhigender, als sie anscheinend unerwartet waren. Kohl und seine Berater hatten wenig getan, um die deutschen Steuerzahler auf die Kosten der Vereinigung vorzubereiten, zum Teil, weil sie die möglichen politischen Konsequenzen fürchteten, aber auch, weil sie selbst von der Größe der Aufgabe überrascht waren. Der Kern des Problems war der Zustand der ostdeutschen Wirtschaft, der viel schlimmer war, als irgendjemand erkannt oder zugegeben hatte. Nur eine Handvoll östlicher Unternehmen konnte auf dem Weltmarkt konkurrieren; Die meisten waren beklagenswert ineffizient und auch umweltschädlich. In der Folge brach die ehemalige ostdeutsche Wirtschaft zusammen, Hunderttausende Ostdeutsche waren arbeitslos, und der Osten wurde stark von Bundessubventionen abhängig. Gleichzeitig erforderte die Infrastruktur — Straßen, Bahnlinien, Telefone und dergleichen — massive Kapitalinvestitionen, um die Grundlage für zukünftiges Wirtschaftswachstum zu schaffen. Kurz gesagt, das Versprechen von sofortigem Wohlstand und wirtschaftlicher Gleichheit, auf dem der schnelle und relativ schmerzlose Vereinigungsprozess beruhte, erwies sich als unmöglich zu erfüllen. Arbeitslosigkeit, soziale Verwerfungen und Enttäuschung verfolgten die neuen Bundesländer auch mehr als ein Jahrzehnt nach dem Fall der Berliner Mauer.
Die anhaltende wirtschaftliche Kluft zwischen Ost und West war nur eine von mehreren Schwierigkeiten bei der Vereinigung. Nicht überraschend, Viele Ostler ärgerten sich darüber, was sie für westliche Arroganz und Unempfindlichkeit hielten. Die Begriffe Wessi („Westler“) und Ossi („Ostler“) implizieren unterschiedliche Herangehensweisen an die Welt: erstere wettbewerbsfähig und aggressiv, das Produkt dessen, was die Deutschen die „Ellbogengesellschaft“ des Westens nennen; letztere passiv und träge, das Produkt der erstickenden Sicherheit des kommunistischen Regimes. Die PDS wurde zur politischen Stimme der Unzufriedenheit im Osten, mit starker, wenn auch lokaler Unterstützung in einigen der neuen Bundesländer. Darüber hinaus erhielt die neofaschistische Deutsche Volksunion unter der Führung des Millionärsverlegers Gerhard Frey erhebliche Unterstützung bei der Masse der Arbeitslosen in Ostdeutschland. Neben dem Groll und der Ernüchterung über die Vereinigung, die viele Osteuropäer und einige Westler verspürten, gab es auch das Problem, sich mit den Hinterlassenschaften der 40-Diktatur auseinanderzusetzen. Ostdeutschland hatte einen großen und effektiven Sicherheitsapparat (die Stasi) entwickelt, der ein breites Netzwerk von professionellen und Amateur-Informanten beschäftigte. Als die Akten dieser Organisation veröffentlicht wurden, stellten die Ostdeutschen fest, dass viele ihrer prominentesten Bürger sowie einige ihrer Freunde, Nachbarn und sogar Familienmitglieder auf der Gehaltsliste der Stasi standen. Die Aufarbeitung dieser Enthüllungen – rechtlich, politisch und persönlich — trug zur Spannung des Jahrzehnts nach der Vereinigung bei.
Trotz der Probleme der Vereinigung sowie einer Reihe von Skandalen in seiner eigenen Partei gewann Kohl 1994 einen knappen Sieg. 1996 übertraf er Adenauers Rekord als dienstältester deutscher Bundeskanzler seit Bismarck. Trotzdem ließ seine Popularität deutlich nach. Zunehmend intolerant gegenüber Kritik innerhalb seiner eigenen Partei erlitt Kohl eine demütigende Niederlage, als seine erste Wahl für die Präsidentschaft abgelehnt wurde. Stattdessen wurde Roman Herzog, der Präsident des Bundesverfassungsgerichts, im Mai 1994 gewählt und erfüllte seine Aufgaben effektiv und anmutig. Als sich Deutschland auf die Wahlen 1998 vorbereitete, geriet seine Wirtschaft ins Stocken — die Arbeitslosigkeit lag über 10 Prozent und war in weiten Teilen Ostdeutschlands doppelt so hoch — und einige Mitglieder von Kohls Partei hofften offen, dass er zugunsten eines neuen Kandidaten zurücktreten würde. Stattdessen kandidierte der Kanzler erneut und seine Koalition wurde besiegt, was seine 16-jährige Kanzlerschaft beendete. Kohl wurde als Kanzler von Gerhard Schröder ersetzt, dem pragmatischen und fotogenen Führer der SPD, die eine Koalition mit den Grünen bildete.