Janet Gyatso ist Spezialistin für buddhistische Studien mit Schwerpunkt auf tibetischer und südasiatischer Kultur- und Geistesgeschichte. Zu ihren Büchern gehören „Erscheinungen des Selbst: Die geheimen Autobiographien eines tibetischen Visionärs“; „Im Spiegel der Erinnerung: Reflexionen über Achtsamkeit und Erinnerung im indischen und tibetischen Buddhismus“; und „Frauen Tibets“. Sie hat kürzlich ein neues Buch fertiggestellt, „Mensch sein in einer buddhistischen Welt: An Intellectual History of Medicine in Early Modern Tibet“ (Columbia University Press, 2015), die sich auf alternative frühe Modernitäten und die Konjunktionen und Disjunktionen zwischen religiösen und wissenschaftlichen Erkenntnistheorien in der tibetischen Medizin im sechzehnten und achtzehnten Jahrhundert konzentriert. Sie hat auch über Sex und Gender im buddhistischen Mönchtum und über die aktuelle Frauenordinationsbewegung im Buddhismus geschrieben. Frühere Themen ihres Stipendiums waren visionäre Offenbarung im Buddhismus; Abstammung, Erinnerung, und Autorschaft; die Philosophie der Erfahrung; autobiographisches Schreiben in Tibet.
Gyatso war von 2000 bis 2006 Präsident der International Association of Tibetan Studies und von 2004 bis 2010 Co-Vorsitzender der Buddhism Section der American Academy of Religion. Sie unterrichtet Vorlesungen und Seminare über buddhistische Geschichte, Rituale und Ideen sowie über tibetische Literaturpraktiken und Religionsgeschichte. Sowohl in der Lehre als auch im Schreiben stützt sie sich auf Kultur- und Literaturtheorie und bemüht sich, das Spektrum der intellektuellen Ressourcen für das Verständnis der buddhistischen und tibetischen Geschichte zu erweitern. Sie ist Mitglied des Committee on the Study of Religion der Fakultät für Kunst und Wissenschaften, des Department of East Asian Languages and Civilizations und des Committee on Inner Asian and Altaic Studies und nimmt aktiv am Harvard Buddhist Studies Forum teil. Sie ist auch an der Entwicklung eines neuen Kurses für die Ausbildung buddhistischer Laienminister und -führer im Master of Divinity-Programm der Harvard Divinity School (HDS) beteiligt.
Gyatso lehrte am Amherst College, bevor er als erster Hershey-Professor für buddhistische Studien an die Divinity School nach Harvard kam. Im Juli 2014 wurde sie HDS Associate Dean für Fakultät und akademische Angelegenheiten.
