Macklis erhielt einen Dual S.B. in Bioelectrical Engineering und Literatur vom Massachusetts Institute of Technology. Er promovierte und promovierte 1984 am Harvard–MIT Program of Health Sciences and Technology (HST), wo er von Richard L. Sidman beraten wurde. Er absolvierte ein Postdoc-Stipendium in Entwicklungsneurowissenschaften bei Sidman. Macklis wurde klinisch in Innerer Medizin am Brigham and Women’s Hospital (BWH) und in der Erwachsenen-Neurologie im Harvard-Longwood Neurological Training Program ausgebildet.
Macklis gründete sein Labor zunächst in der Grundlagenabteilung für Neurowissenschaften des Boston Children’s Hospital (BCH). 2002 wechselte er an das Massachusetts General Hospital (MGH), wo er von 2002 bis 2011 Gründungsdirektor des MGH-HMS Center for Nervous System Repair war. Er leitete auch das Programm für Parkinson und verwandte Störungen bei BWH.
Im Jahr 2004 gründete Macklis das Neuroscience / Nervous System Diseases Program am Harvard Stem Cell Institute der Harvard University, das er bis 2013 leitete. 2007 wurde Macklis zum Max und Anne Wien Professor für Lebenswissenschaften ernannt. Sein Labor zog 2011 physisch nach Cambridge, MA. Er ist Fakultätsmitglied der Harvard Graduate Programs in Neuroscience; Biologische und biomedizinische Wissenschaften; Entwicklungs- und Regenerative Biologie; und Moleküle, Zellen und Organismen; sowie das Harvard-MIT HST-Programm.
Macklis wurde 2015 Distinguished Investigator der Paul G. Allen Frontiers Group. Er wurde 2017 Ermittler der Autism Research Initiative (SFARI) der Simons Foundation.
