John Franklin Enders wurde am Feb. 10, 1897, in West Hartford, Connecticut. Nachdem er von 1917 bis 1920 im United States Naval Reserve Flying Corps gedient hatte, erlangte er seinen Bachelor-Abschluss an der Yale University. 1922 erwarb er einen Master-Abschluss in Englisch an der Harvard University. Vor seiner Promotion interessierte er sich jedoch für das Studium der Bakteriologie bei Hans Zinsser, mit dem er Methoden zur Synthese von Anti-Typhus-Impfstoffen entwickelte. Er war 1927 mit Sarah Bennett verheiratet, mit der er zwei Kinder hatte; Sie starb 1943. 1930 promovierte er in Mikrobiologie. Anschließend begann er eine bemerkenswerte und produktive Karriere als Mitglied der Fakultät der Harvard Medical School. Während des Zweiten Weltkriegs war er ziviler Berater für epidemische Krankheiten des Kriegsministers und nach 1945 bis 1949 Mitglied der zivilen Kommission für Viren und Rickettsien. 1947 wurde er Leiter der Forschungsabteilung für Infektionskrankheiten des Children’s Hospital in Boston. 1951 heiratete er erneut, diesmal mit Carolyn Keane.
In den späten 1930er Jahren konzentrierte sich Enders auf virologische Probleme. Sein erster großer Durchbruch war die Entwicklung von Techniken zum Nachweis von Antikörpern gegen das Mumpsvirus; Er und andere zeigten anschließend, dass das Virus in Hühnerembryonen und Gewebekulturen gezüchtet werden konnte. Auf der Grundlage dieser Arbeit konnte die Immunologie und Epidemiologie der Mumps-Infektion untersucht, ein Hauttest entwickelt und gezeigt werden, dass die Infektion häufig inapparent war. Schließlich lieferten die Studien die Grundlage für die Entwicklung präventiver Maßnahmen gegen die Krankheit, zu denen nun auch ein abgeschwächter Lebendimpfstoff gehört.
Während Enders und seine Kollegen, Dr. Frederick Robbins und Dr. Thomas Weller setzten die Untersuchung von Mumps- und Windpockenviren fort, verschiedene Arten menschlicher Zellen in Kultur wurden verwendet. Enders schlug vor, einige der Kulturen mit Poliovirus zu inokulieren, was zu diesem Zeitpunkt bei einigen wenigen Arten teurer Versuchstiere nur schwer untersucht werden konnte. Das Poliovirus vermehrte sich in einer Art Kultur, die aus Zellen bestand, die nicht aus dem Nervensystem stammten. Diese Entdeckung und die Studien, die sie ermöglichten, eröffneten den Weg für eine neue Ära in der Poliovirusforschung, deren dramatischster Aspekt die Möglichkeit der Entwicklung von Poliovirusimpfstoffen war. Für diese Arbeit erhielten Enders, Robbins und Weller 1954 den Nobelpreis. Aus der Enders-Robbins-Weller-Technik konnte Dr. Jonas Salk 1953 den ersten Polioimpfstoff herstellen.
Enders begann Studien mit einer anderen Krankheit, Masern. 1954 berichtete er über Erfolge bei der Züchtung des Virus in Gewebekultur und es folgte eine Modellreihe von Untersuchungen, die 1962 zu einem Masernimpfstoff führten. In späteren Jahren wandte er sich krebsbedingten Viren zu und leistete wichtige Beiträge auf diesem Gebiet, insbesondere zu Studien zur Fusion von Zellen verschiedener Spezies als Mittel zur Veränderung der Zellanfälligkeit gegenüber Viren.
Seine bedeutenden Beiträge zu vielen Bereichen der Virologie brachten ihm Auszeichnungen aus der ganzen Welt ein, darunter die Presidential Medal of Freedom im Jahr 1963, aber Enders widmete sich weiterhin seinem Labor und seinen Studenten. Aufgrund der Breite und Prägnanz seines Denkens waren viele seiner Beiträge konzeptionell und definitiv und stellten wichtige Schritte dar, die ganz neue Bereiche für weitere Experimente und die Erweiterung des Wissens eröffneten. Enders schrieb zwischen 1929 und 1970 fast 200 veröffentlichte Arbeiten. 1939 war er Mitautor von Immunity, Principles and Application in Medicine and Public Health. Aber, während breite Anerkennung und öffentliche Anerkennung zu erreichen, Enders blieb ein „Virologen Virologe.“ Gegen Ende seines Lebens versuchte er, sein Wissen über Immunologie auf den Kampf gegen AIDS anzuwenden, insbesondere um das Fortschreiten der Krankheit während ihrer Inkubationszeit im menschlichen Körper zu stoppen. Er starb am 8. September 1985 in seinem Haus in Waterford, Connecticut, an Herzversagen.