Er hatte eine berühmte und langjährige Fehde mit dem ehemaligen Senator Vince Fumo. Die politische Website PoliticsPA verglich die Beziehung zur Hatfield-McCoy-Fehde Während der demokratischen Vorwahlen 2008 für den 1. Senatsbezirk im Senat von Pennsylvania in Philadelphia wurde Dougherty von Larry Farnese, der stark von Fumo unterstützt wurde, überraschend besiegt. Nach Doughertys Zugeständnis, Fumo wurde gehört, wie er „Doc is dead! Doc ist tot!“
Im Jahr 2003 wurde er in die PoliticsPA „Power 50“ -Liste der politisch einflussreichen Personen in Pennsylvania aufgenommen. 2003 wurde er in die Pennsylvania Report „Power 75“ -Liste aufgenommen. Im Jahr 2010 ernannte ihn das Politics Magazine zu einem der einflussreichsten Demokraten in Pennsylvania.
Im Jahr 2015 unterstützte er den ehemaligen Stadtrat von Philadelphia Jim Kenney für Bürgermeister von Philadelphia. Seine Unterstützung war ein treibender Faktor für seinen Sieg in einer überfüllten demokratischen Vorwahl.
Im Januar 2019 wurde Dougherty in einer IBEW Local 98-Untersuchung angeklagt, die ihn unter anderem wegen Missbrauchs von Gewerkschaftsmitteln zum persönlichen Nutzen beschuldigte. Seine Verteidigung hat energisch argumentiert, dass angebliche Aktivitäten im März tatsächlich rechtmäßig waren. Der Fall ist ziemlich kompliziert geworden, da einige Angeklagte im Juli darum gebeten haben, den Fall auf verschiedene umstrittene Themen aufzuteilen.
