Junying Yuan gründete 1989, unmittelbar nach Abschluss ihrer Promotion, ein unabhängiges Labor am Harvard-angeschlossenen Massachusetts General Hospital. Ihre ersten Bemühungen waren darauf ausgerichtet, die funktionelle Rolle von Caspasen bei der Vermittlung der Apoptose von Säugetieren nachzuweisen. Ihre selbständige Arbeit in dieser Phase lieferte die ersten Einblicke in molekulare Mechanismen in der Apoptose von Säugetieren, die wesentlich zum Nobelpreis für Chemie beitrugen, den ihr Doktorvater Robert Horvitz gewann.
1996 verlegte Yuan ihr Labor in die Abteilung für Zellbiologie am Longwood Campus der Harvard Medical School, wo sie ihre Untersuchungen zum Zelltod fortsetzte. Ihre Arbeit vertiefte sich weiter in den programmierten Zelltod und enthüllte eine breite Kohorte von Proteinen, die an der Regulation und den Folgen der Apoptose beteiligt sind. Zu den bemerkenswerten Arbeiten gehören ihre Entdeckung, dass die BID-Spaltung durch Caspase-8 mitochondriale Schäden bei der Apoptose vermittelt, und ihre Entdeckung der Rolle von Caspase-11 bei der Regulierung von Caspase-1-gesteuerten Entzündungen.
Im Jahr 2005 entdeckte Yuans Gruppe eine nicht-apoptotische Form des programmierten nekrotischen Zelltods, die sie als „Nekroptose“ bezeichneten. Andere Gruppen beobachteten zunächst, dass die Stimulation der Fas / TNFR-Familie von Todesdomänenrezeptoren (DR) einen kanonischen apoptotischen Weg aktivierte; In vielen Zelltypen konnte die Caspasehemmung jedoch nicht nur den Zelltod hemmen, wie es von der kanonischen Apoptose zu erwarten wäre, sondern stimulierte Zellen erlebten eine Form des Zelltods, die eher der Nekrose als der Apoptose ähnelte. Yuans Gruppe führte ein chemisches Screening durch, das ein kleines Molekül identifizierte, das in der Lage ist, den DR-gesteuerten Zelltod, Necrostatin-1, zu hemmen, und die Rolle der Nekroptose bei ischämischen neuronalen Verletzungen demonstrierte, wodurch eine mögliche Rolle von Necrostatin-1 bei der Schlaganfallbehandlung postuliert wurde. Ihre Gruppe identifizierte dann RIPK1 als Ziel für Necrostatin-1, was es als Schlüsselfaktor für die Nekroptose impliziert.
Yuan identifizierte und charakterisierte Mitglieder des Signalnetzwerks, das für die Regulierung der Nekroptose verantwortlich ist, und klärte weiterhin die Mechanismen der Nekroptose auf, während er ihr Potenzial als Ziel therapeutischer Intervention untersuchte. Nekrose wurde früher als eine Form des passiven Zelltods angesehen, der als Reaktion auf Stress erzwungen wurde. Dieser Glaube hatte eine Abneigung gegen die Entwicklung therapeutischer Anwendungen gegen Nekrose ausgelöst. Durch den Nachweis einer Form der programmierten Nekrose enthüllte Yuans Arbeit neue Behandlungsmöglichkeiten für eine ständig wachsende Kohorte von Krankheiten, an denen Nekroptose beteiligt ist. Ab 2019 sind niedermolekulare Inhibitoren von RIPK1 über klinische Phase-I-Studien am Menschen hinaus zur Behandlung verschiedener entzündlicher und neurodegenerativer Erkrankungen, einschließlich Amyotropher Lateralsklerose (ALS), Alzheimer-Krankheit, rheumatoider Arthritis, Psoriasis und Morbus Crohn, fortgeschritten.