Kekkei genkai (血継限界; Wörtlich übersetzt „eine Technik, die auf die Vererbung durch Blut beschränkt ist“ oder „Blutliniengrenze“) sind Fähigkeiten, die genetisch in bestimmten Clans weitergegeben werden. Es ist möglich, dass ein Ninja mehr als eine dieser Fähigkeiten besitzt. Kekkei genkai Fähigkeiten, die über das Auge des Benutzers arbeiten, werden Dōjutsu genannt. Andere Kekkei Genkai umfassen das Mischen einer Art von Elementar-Chakra mit einem anderen, wodurch ein neues, für die Benutzer einzigartiges Chakra entsteht, was für normale Ninja normalerweise unmöglich ist.
Kekkei Genkai und ihre verwandten Techniken können nicht von anderen gelehrt oder kopiert werden. Kekkei Genkai kann jedoch anderen gegeben werden. Dōjutsu oder andere Kekkei Genkai, die zu einem einzelnen Organ isoliert wurden, können in den Körper eines anderen transplantiert werden. Die Verwendung dieser Organe erfordert viel mehr Chakra als jemand, der mit dem Kekkei Genkai geboren wurde. Chakra-Elemente können auch an Personen außerhalb des Clans weitergegeben werden, indem eine DNA-Remo-Modifikation durchgeführt wird, um die Freisetzungstechnik zu erwerben. Die Fähigkeit der Person, es zu benutzen, wäre jedoch nicht annähernd so mächtig wie der ursprüngliche Praktizierende.
Obwohl Kekkei Genkai’s normalerweise genetisch innerhalb eines bestimmten Clans geteilt werden, ist es manchmal einzigartig für eine Person allein, und dass sogar Verwandte der Familie es nicht teilen. Noch andere Kekkei Genkai scheinen in Individuen ohne bekannte Beziehung zu erscheinen, wie die Lava-Freisetzung, die in Ninja von Kirigakure, Iwagakure und Kumogakure erschienen ist, während Magnet-Freisetzung, die in Ninja von Kumogakure und Sunagakure erschienen ist.