Im zweiten Jahrtausend v. Chr. waren die Gebiete zwischen den Flüssen Kama und Irtysch die Heimat einer proto-uralischsprachigen Bevölkerung, die Kontakte zu proto-indoeuropäischen Sprechern aus dem Süden hatte. Die Bewohner der Gebiete waren von europäischem Bestand, aber die Khanty sind überwiegend Uraloid. Die Waldbevölkerung ist der Vorfahre der modernen ugrischen Einwohner von Trans-Uralia. Einige betrachten die Vorfahren der Khanty als die prähistorische metallverarbeitende Andronovo-Kultur. Andere Forscher sagen, dass die Chanten aus der Süduralsteppe stammten und um 500 n. Chr.
Khanty erscheint wahrscheinlich in russischen Aufzeichnungen unter dem Namen Jugra (ca. 11.Jahrhundert), als sie Kontakt zu russischen Jägern und Kaufleuten hatten. Der Name stammt aus der komi-zyrischen Sprache jögra (‚Khanty‘). Es ist auch möglich, dass sie zuerst vom englischen König Alfred dem Großen (ca. 9. Jahrhundert), der Fenland (Feuchtgebiet) östlich des Weißen Meeres in Westsibirien lokalisierte. Der ältere russische Name Ostyak ist von Khanty as-kho ‚Person aus dem Ob (as) Fluss,’mit -yak nach anderen ethnischen Begriffen wie Permyak.
Einige Khanty Fürstentümer wurden teilweise in der Sibirien Khanat aus den 1440er–1570er Jahren.
Im 11.Jahrhundert war Jugra eigentlich ein Begriff für zahlreiche Stämme, jeder mit seinem eigenen Zentrum und seinen eigenen Chef. Jeder Stamm hatte zwei exogamische Phratrien, genannt mon’t’und por, und alle Mitglieder wurden als Blutsverwandte betrachtet. Diese Struktur wurde später durch Clans ersetzt, in denen jeder Clanführer (Knyazets) mit dem russischen Reich verhandelte. Sie nahmen auch an russischen Kampagnen teil und erhielten das Recht, Yasaq (Tribut) von zwei Khanty Volosts (Bezirken) zu sammeln. Als diese Struktur nicht mehr benötigt wurde, beraubte Russland sie ihrer Privilegien.
Zwischen dem 17. und 19.Jahrhundert gab es Versuche, das Christentum einzuführen, aber der Lebensstil der Chanten erfuhr keine wirklichen Veränderungen. In der zweiten Hälfte des 19.Jahrhunderts akzeptierten sie allmählich das Staatsrecht.
Während der Sowjetzeit waren die Chanten eine der wenigen indigenen Minderheiten Sibiriens, denen eine Autonomie in Form eines Okrug (autonomer Bezirk) gewährt wurde. Die Etablierung der Autonomie hat eine bedeutende Rolle bei der Konsolidierung des Ethnos gespielt (die westlichen Khants nannten ihre östlichen Nachbarn Kantõk ). In den 1930er Jahren unternahm der Sowjetstaat jedoch konzertierte Anstrengungen, um sie zu kollektivieren. Die Anfangsphase bedeutete die Hinrichtung von Stammeshäuptlingen, die als „Kulaken“ bezeichnet wurden, gefolgt von der Hinrichtung von Schamanen. Die Entführung der Kinder, die in russischsprachige Internate geschickt wurden, durch den Staat löste 1933 einen nationalen Aufstand aus, den Kazym-Aufstand.
Nach dem Ende der Stalin-Periode wurde dieser Prozess gelockert und in den 1980er und 1990er Jahren wurden die Bemühungen intensiviert, ihr gemeinsames Territorium vor der industriellen Expansion verschiedener Ministerien und Behörden zu schützen. Die Autonomie hat auch eine wichtige Rolle bei der Erhaltung der traditionellen Kultur und Sprache gespielt.
