Khizr Khoja bestieg den Thron von Moghulistan nach der Niederlage von Qamar-ud-din Khan Dughlat durch Timur im Jahr 1390.
Tarikh-i-Rashidi von Mirza Muhammad Haidar Dughlat sagt, dass Tughluk Timur Kháns jüngster Sohn Khizir Khwája Khán war und dass er, während er noch an der Brust seiner Mutter war, von Mir Ághá, der Mutter von Amir Khudáidád, vor der Grausamkeit und Feindschaft Kamaruddins gerettet wurde. Als das Kind zwölf Jahre alt war, nahmen ihn seine Freunde, die immer noch Amir Kamaruddin fürchteten, von Káshghar.
Amir Khudáidád wollte ein paar vertrauenswürdige Männer mit ihm schicken, aber Mir Ághá widersetzte sich diesem Plan und sagte: „Sende keinen deiner eigenen Diener, denn wenn der Junge Khán wird, werden die geborenen Menschen einflussreich, und dann werden sie sich und deinen Kindern als Feinde erweisen. Sie werden meinen, daß die Leute ihnen nicht genügend Respekt zollen, sondern untereinander sagen: ‚Das sind nur Diener. Aus diesem Grund sendet lieber andere als eure eigenen Gefolgsleute – sendet Fremde.“ So wurden zwölf Männer gesandt, und jeder wurde schließlich ein Amir. Viele ihrer Nachkommen leben jetzt. Unter ihnen war Arjirák, von dem die Amire von Itárji abstammen; Tájri von Khwárizm, aus dem die Amire von Kunji hervorgegangen sind; während ein anderer aus dem Stamm Chálish Siádi stammte ; und seine Söhne wurden auch Amire im Stil von Kushji, aber sie werden auch Kukildásh genannt.
Sie brachten Khizir Khwája Khán hinauf zu den Hügeln, die zwischen Badakhshán und Káshghar liegen. Aber die Spione von Kamaruddin erfuhren von seinem Versteck, also verließ er es und floh in die Hügel von Khotan. Aus Angst, entdeckt zu werden, ging er weiter nach Sárigh Uigurisch, Jurjánund Lob Katak, wo er zwölf Jahre blieb. Nach dem Tod von Kamaruddin wurde nach Khizir Khwája Khán gesucht, und Amir Khudáidád sandte nach ihm, von wo aus er sich versteckte. Sobald er hereingebracht wurde, rief Khudáidád das Volk zusammen und erhob ihn zum Khánship. So kam der Glanz der Khán, um die Souveränität der Moghuls zu erleuchten, so dass die Angelegenheiten von Moghulistán florierten. Der Khán schloss dann einen Frieden mit Amir Timur, der ein Bündnis mit ihm schloss, indem er Tavakkul Khánim, ein Mädchen aus dem königlichen Haram, heiratete.
