Dr. Kagan hat seit Mai 2007 acht Gefechtsfeldzüge im Irak für den befehlshabenden General der MNF-I durchgeführt, von denen drei in Afghanistan für das Zentralkommando der Vereinigten Staaten (CENTCOM) und die International Security Assistance Force (ISAF) waren. Sie war im Oktober 2008 Mitglied des Joint Campaign Plan Assessment Teams für die Multi-National Force-Iraq-U.S. Mission Iraq und im Januar 2009 Teil des Civilian Advisory Teams für die CENTCOM Strategic Review. Kagan diente in Kabul als Mitglied des strategischen Bewertungsteams von General Stanley McChrystal, das sich aus zivilen Experten zusammensetzte, während seiner strategischen Überprüfung im Juni und Juli 2009. Sie kehrte im Sommer 2010 nach Afghanistan zurück, um General David Petraeus bei Übergangsaufgaben nach seiner Übernahme des Kommandos in Afghanistan zu unterstützen. Kagan ist auch Mitglied des Akademischen Beirats des Afghanistan-Pakistan Center of Excellence bei CENTCOM.
Kagan ist Gründer und Präsident des Institute for the Study of War (ISW). ISW beschreibt sich selbst als „überparteiliche Non-Profit-Denkfabrik, die Forschung und Analyse speziell zu Fragen der Verteidigung und auswärtige Angelegenheiten zur Verfügung zu stellen sucht. ISW produziert umfassende Berichte über die Realitäten des Krieges; mit Schwerpunkt auf militärische Operationen, feindliche Bedrohungen, und politische Trends in verschiedenen Konfliktzonen“.
Am 25. Mai 2010 nahm Kagan an einem Briefing auf dem Capitol Hill teil, das sich auf die politische Krise des Irak konzentrierte und Bemerkungen des irakischen Botschafters Samir Sumaidaie und Dr. Kenneth Pollack, Senior Fellow an der Brookings Institution, enthielt. Kagan nahm auch an einer Veranstaltung der Brookings Institution mit dem Titel „Perspektiven für die Zukunft Afghanistans: Bewertung des Ergebnisses der afghanischen Präsidentschaftswahlen“ zusammen mit Dr. Michael E. O’Hanlon teil.
Kagans Organisation, ISW, finanzierte die Erstellung eines 34-minütigen Dokumentarfilms, The Surge: the Untold Story mit CIA-Direktor General David Petraeus, ISW-Vorsitzender, US-Armeegeneral Jack Keane (a.d.) und LTG James Dubik (a.d.) beschreibt die Strategie der Surge im Irak und wie einige hochrangige US-Offiziere behaupten, das Land befriedet und damit den Krieg gewonnen zu haben.
Zusammen mit General Keane ist Kagan Beiratsmitglied von Spirit of America, einer 501 (c) (3) Organisation, die die Sicherheit und den Erfolg von Amerikanern im Ausland und den Menschen vor Ort und Partnern, denen sie helfen möchten, unterstützt.
