La genética del paisaje proporciona un marco valioso para comprender cómo las características del paisaje influyen en el flujo genético y para desentrañar los factores que conducen a una estructura de población discreta y/o clinal. Aquí, intentamos diferenciar entre estos procesos en un pequeño carnívoro que habita en el bosque . En concreto, utilizamos enfoques analíticos complementarios para cuantificar la estructura y diversidad genética espacialmente explícitas y analizar los patrones de flujo genético de 140 individuos genotipados en 15 loci de microsatélites. En primer lugar, utilizamos algoritmos de agrupación bayesiana espacialmente explícitos y no espaciales para dividir la muestra en clústeres discretos y evaluar hipótesis de «aislamiento por barreras» (IBB). Caracterizamos además las relaciones entre la distancia genética y las distancias geográficas (‘aislamiento por distancia’, IBD) y ecológicas (‘aislamiento por resistencia’, IBR) obtenidas a partir de modelos de paisaje optimizados. Utilizando un enfoque de modelado causal recíproco, compitimos las hipótesis de IBD, IBR e IBB entre sí para desentrañar los factores que impulsan la estructura genética de la población. Además, evaluamos los índices espacialmente explícitos de diversidad genética utilizando sGD en vecindarios genéticos potencialmente superpuestos que coincidían con la estructura de la población inferida. Nuestros resultados revelaron una cline genética espacial compleja que parece ser impulsada conjuntamente por la EII y las barreras parciales al flujo genético (BII) asociadas con un hábitat pobre y la competencia interespecífica. La pérdida y fragmentación del hábitat, en sinergia con la sobreexplotación pasada y la posible competencia interespecífica con la marta pétrea simpátrica (Martes foina), son probablemente los principales factores responsables de la estructura genética espacial que observamos. Estos resultados enfatizan la necesidad de una evaluación más exhaustiva de hipótesis discretas y clinales que gobiernan el flujo de genes en estudios genéticos de paisajes, y la influencia potencial de diferentes factores limitantes que afectan la estructura genética a diferentes escalas espaciales.