Resumen
Aunque los genomas de los mamíferos son diploides, estudios previos investigaron ampliamente las arquitecturas de cromatina promedio sin considerar las diferencias entre los cromosomas homólogos. Generamos conjuntos de datos Hi-C, ChIP-seq y ARN-seq a partir de células T CD4 de ratones B6, Cast e híbridos, para investigar la organización de la cromatina diploide y la regulación epigenética. Nuestros datos indican que los patrones de interacción entre cromosomas homólogos son similares, y la similitud está altamente correlacionada con sus niveles de coexpresión alélica. La reconstrucción del núcleo 3D reveló que las distancias de los cromosomas homólogos al centro del núcleo son casi las mismas. Las interacciones entre cromosomas en los extremos de los centrómeros son significativamente más débiles que las de los extremos de los telómeros, lo que sugiere que se encuentran en diferentes regiones dentro de los territorios cromosómicos. La mayoría de los compartimentos A / B o dominios topológicamente asociados (TAD) son consistentes entre B6 y Cast. Encontramos que el 58% de los haploides en híbridos mantienen su estado de compartimiento parental en compartimentos divergentes B6/Molde debido al efecto cis. Alrededor del 95% de los compartimentos divergentes B6/Fundido transaccionados convergen al mismo estado de compartimiento potencialmente debido a un entorno celular compartido. Mostramos que los genes expresados diferencialmente entre los dos haploides en el híbrido estaban asociados con efectos genéticos o epigenéticos. En resumen, nuestros datos multi omicos de los ratones híbridos proporcionaron información haploide específica sobre la arquitectura nuclear 3D y un rico recurso para comprender mejor la regulación epigenética de la expresión génica haploide específica.
