La clasificación tradicional impuso una división en formas similares a plantas y animales en los eucariotas unicelulares, o protistas; en una visión actual, los protistas son un conjunto diverso de grupos similares a plantas, animales y hongos. La clasificación de estos en filos es difícil debido a su estructura relativamente simple y registro geológico limitado, pero el estudio de la ultraestructura y otras características está proporcionando una nueva visión sobre la clasificación protista. Se discuten posibles clasificaciones, y se sugiere una clasificación resumida del mundo viviente en reinos (Monera, Protista, Hongos, Animalia, Plantas) y filos. Esta clasificación también sugiere agrupaciones de filos en superfilos y formas-superfilos, y un Protista del reino ampliado (incluyendo algas verdes, oomicotas y mohos limosos, pero excluyendo algas rojas y marrones). La clasificación, por lo tanto, busca ofrecer un compromiso entre los reinos protistas y protoctistas de Whittaker y Margulis y combinar una lista completa de filos con la agrupación de estos para el tratamiento sinóptico.
