El Instituto fue fundado en 1934 como el Departamento de Arqueología de la Universidad hebrea de Jerusalén. En 1967 se convirtió en el Instituto de Arqueología. Hoy en día, el Instituto es una unidad de investigación y docencia independiente dentro de la Facultad de Humanidades, con un personal que proporciona asistencia administrativa y científica, así como las instalaciones técnicas necesarias para llevar a cabo sus proyectos de investigación. Los programas académicos incluyen estudios de Licenciatura, Maestría y doctorado. grados en arqueología prehistórica, bíblica y clásica, Civilizaciones del Antiguo Cercano Oriente y Arqueología Computacional.
Desde su creación como Departamento de Arqueología, el Instituto ha estado involucrado en muchos esfuerzos arqueológicos importantes y programas de investigación interdisciplinarios, además de su papel como institución de enseñanza y capacitación. Las excavaciones en los principales sitios prehistóricos e históricos han dado forma a muchos de los paradigmas actuales de la arqueología israelí y han contribuido a una mejor comprensión del comportamiento humano pasado.Muchas de las excavaciones realizadas por miembros del Instituto se reportan y publican en la serie Qedem del Instituto.
El departamento estaba ubicado en Mt. Scopus hasta 1948, cuando se trasladó al nuevo campus en Giv’at Ram y a un edificio donado por los Amigos Belgas de la Universidad Hebrea y nombrado en honor de la Reina Isabel de Bélgica. Después de la guerra de 1967, el departamento regresó a su edificio original en Mt. Scopus, y se convirtió en el Instituto de Arqueología. Una generosa donación de la familia Carasso permitió reconstruir y ampliar el ala de investigación para acomodar su creciente colección de antigüedades y el aumento de las actividades de investigación. Con una donación adicional de los Amigos Belgas de la Universidad Hebrea, el ala de enseñanza fue reconstruida y nombrada en honor de la Reina Isabel de Bélgica. Esta ala también contiene la recién renovada biblioteca y colección de diapositivas Emery y Claire Yass del Instituto.
El Instituto ofrece a sus investigadores, así como a académicos externos, servicios de conservación y fotografía. Ambos laboratorios han sido recientemente renovados y equipados con instalaciones de última generación
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