El período medieval
La fase medieval de la filosofía japonesa se extendió desde finales del siglo XII hasta el siglo XVI, una era de agitación social y política. Con la disolución del poder de la aristocracia y el ascenso de la clase samurái a la dominación política y militar, la vida cortesana, tan central en el período clásico, perdió su encanto. Ante la guerra recurrente y una serie inusual de desastres naturales, muchos japoneses perdieron interés en las visiones cósmicas de Shingon y Tendai. En cambio, esperaban una filosofía religiosa dirigida a llevar una vida cotidiana pacífica en lo que se había convertido en un mundo cada vez más turbulento. Los grupos escindidos budistas (por ejemplo, Tierra Pura, Zen y Nichiren) echaron raíces fuera de las instituciones establecidas.
Durante el período Kamakura (1185-1333), cuando el feudalismo, el shogunato (dictadura militar) y la clase guerrera samurái se establecieron en Japón, las nuevas escuelas budistas se unieron en torno a una serie de pensadores que incluyeron a Hōnen (1133-1212), Shinran (1173-1263), Dōgen (1200-53) y Nichiren (1222-82). Hōnen y Shinran, los fundadores de las dos principales formas de Tierra Pura del Budismo Japonés, analizaron la debilidad humana y la necesidad de confiar en el poder redentor del Buda Amida, el buda de la luz que prometió renacer en la Tierra Pura a los fieles. Dōgen utilizó la meditación Zen como un medio para analizar problemas filosóficos relacionados con la conciencia y el yo. Nichiren ensalzó el poder de la devoción al Sutra del Loto y su ideal del bodisatva, o «futuro buda».»En apoyo de esa práctica, elaboró una filosofía de la historia y una crítica de otras escuelas budistas.
A pesar de sus diferencias, los filósofos Kamakura compartían la preocupación de simplificar la práctica budista y hacerla accesible a los laicos de todas las clases. Incluso hoy en día, la mayoría de los budistas japoneses practican formas de vida religiosa desarrolladas en el período Kamakura. Las filosofías de esos pensadores también continúan influyendo en muchas suposiciones culturales japonesas. El Zen trajo un enfoque en la disciplina no como un medio para la iluminación, sino como un fin en sí mismo, mientras que las críticas de la Tierra pura de la autosuficiencia espiritual reforzaron una desconfianza de la concepción del yo como un ego aislado. Las teorías estéticas japonesas continuaron desarrollándose en el período medieval y reflejaron cada vez más temas budistas de desapego, praxis estricta y celebración de lo cotidiano. Durante la época medieval, el pensamiento y la práctica del sintō fueron absorbidos sustancialmente por la hegemonía religiosa budista. Hubo poco desarrollo crítico de la filosofía confuciana durante este período.