En diciembre de 1990, las primeras elecciones libres de toda Alemania desde el período nazi otorgaron una mayoría ampliada a la coalición de Kohl. Después de 45 años de división, Alemania volvió a unirse, y al año siguiente Kohl ayudó a negociar el Tratado de la Unión Europea, que estableció la Unión Europea (UE) y allanó el camino para la introducción del euro, la moneda única de la UE, a finales de la década.
El logro de la unificación nacional pronto se vio empañado por una serie de dificultades, algunas debido a problemas estructurales en la economía europea, otras a los costos y consecuencias de la unificación misma. Al igual que la mayor parte del resto de Europa, Alemania en la década de 1990 se enfrentó a una mayor competencia mundial, a los crecientes costos de su elaborado sistema de bienestar social y al persistente desempleo, especialmente en su sector industrial tradicional. Sin embargo, también se enfrentó a los asombrosos gastos adicionales de unificar el este y el oeste. Estos gastos eran aún más inquietantes porque aparentemente eran inesperados. Kohl y sus asesores habían hecho poco para preparar a los contribuyentes alemanes para los costos de la unificación, en parte porque temían las posibles consecuencias políticas, pero también porque estaban sorprendidos por la magnitud de la tarea. El núcleo del problema era el estado de la economía de Alemania oriental, que era mucho peor de lo que nadie se había dado cuenta o admitido. Solo un puñado de empresas orientales podían competir en el mercado mundial; la mayoría eran lamentablemente ineficientes y también destructivas para el medio ambiente. Como consecuencia, la antigua economía de Alemania Oriental colapsó, cientos de miles de orientales se enfrentaron al desempleo y el este se volvió fuertemente dependiente de los subsidios federales. Al mismo tiempo, la infraestructura—carreteras, líneas ferroviarias, teléfonos, etc.—requería una inversión masiva de capital para sentar las bases del crecimiento económico futuro. En resumen, la promesa de prosperidad inmediata e igualdad económica, en la que se había basado el rápido y relativamente indoloro proceso de unificación, resultó imposible de cumplir. Más de una década después de la caída del Muro de Berlín, el desempleo, la dislocación social y la decepción siguieron atormentando a los nuevos Länder.
La persistente brecha económica entre el este y el oeste fue solo una de las varias dificultades que acompañaron a la unificación. No es de extrañar que muchos orientales se resintieran por lo que consideraban arrogancia e insensibilidad occidentales. Los términos Wessi («occidental») y Ossi («oriental») llegaron a implicar diferentes enfoques del mundo: el primero competitivo y agresivo, el producto de lo que los alemanes llaman la «sociedad del codo»de Occidente; este último pasivo e indolente, producto de la asfixiante seguridad del régimen comunista. El PDS se convirtió en la voz política de los descontentos orientales, con un apoyo fuerte aunque localizado en algunos de los nuevos Länder. Además, la Unión Popular Alemana neofascista (Deutsche Volksunion), dirigida por el editor millonario Gerhard Frey, obtuvo un apoyo significativo entre la masa de trabajadores desempleados de Alemania oriental. Además del resentimiento y la desilusión por la unificación que sentían muchos orientales y algunos occidentales, también estaba el problema de aceptar los legados dejados por 40 años de dictadura. Alemania Oriental había desarrollado un aparato de seguridad grande y eficaz (la Stasi), que empleaba una amplia red de informantes profesionales y aficionados. A medida que los archivos de esta organización comenzaron a hacerse públicos, los alemanes orientales descubrieron que muchos de sus ciudadanos más prominentes, así como algunos de sus amigos, vecinos e incluso familiares, habían estado en la nómina de la Stasi. Aceptar estas revelaciones-legal, política y personalmente-se sumó a la tensión de la década de la postunificación.
A pesar de los problemas relacionados con la unificación, así como una serie de escándalos en su propio partido, Kohl obtuvo una estrecha victoria en 1994. En 1996 superó el récord de Adenauer como el canciller alemán con más años de servicio desde Bismarck. Sin embargo, su popularidad estaba disminuyendo claramente. Cada vez más intolerante a la crítica dentro de su propio partido, Kohl sufrió una derrota humillante cuando su primera elección para la presidencia fue rechazada. En cambio, Roman Herzog, presidente del Tribunal Constitucional Federal, fue elegido en mayo de 1994 y cumplió sus funciones con eficacia y elegancia. Mientras Alemania se preparaba para las elecciones de 1998, su economía se tambaleaba—el desempleo superó el 10 por ciento y fue el doble que en gran parte de Alemania oriental—y algunos miembros del partido de Kohl esperaban abiertamente que se apartara a favor de un nuevo candidato; en cambio, el canciller se postuló de nuevo y su coalición fue derrotada, poniendo fin a su cancillería de 16 años. Kohl fue reemplazado como canciller por Gerhard Schröder, el líder pragmático y fotogénico del SPD, que formó una coalición con el Partido Verde.