Janet Gyatso es una especialista en estudios budistas con concentración en la historia cultural e intelectual tibetana y del sur de Asia. Sus libros incluyen «Apparitions of the Self: The Secret Autobiographies of a Tibetan Visionary»; «In the Mirror of Memory: Reflections on Mindfulness and Remembrance in Indian and Tibetan Buddhism»; y «Women of Tibet». Recientemente ha completado un nuevo libro, » Ser humano en un mundo budista: An Intellectual History of Medicine in Early Modern Tibet» (Columbia University Press, 2015), que se centra en las modernidades tempranas alternativas y las conjunciones y disyuntivas entre las epistemologías religiosas y científicas en la medicina tibetana en los siglos XVI y XVIII. También ha estado escribiendo sobre sexo y género en el monaquismo budista, y sobre el movimiento actual de ordenación femenina en el budismo. Los temas anteriores de su erudición han incluido la revelación visionaria en el budismo; el linaje, la memoria y la autoría; la filosofía de la experiencia; and autobiographical writing in Tibet (en inglés).
Gyatso fue presidente de la Asociación Internacional de Estudios Tibetanos de 2000 a 2006, y copresidente de la Sección de Budismo de la Academia Americana de Religión de 2004 a 2010. Imparte cursos de conferencias y seminarios avanzados sobre historia, rituales e ideas budistas, y sobre prácticas literarias tibetanas e historia religiosa. Tanto en la enseñanza como en la escritura, se basa en la teoría cultural y literaria, y se esfuerza por ampliar el espectro de recursos intelectuales para la comprensión de la historia budista y tibetana. Es miembro del Comité de Estudio de la Religión de la Facultad de Artes y Ciencias, del Departamento de Lenguas y Civilizaciones de Asia Oriental y del Comité de Estudios de Asia Interior y Altaica, y participa activamente en el Foro de Estudios Budistas de Harvard. También está involucrada en el desarrollo de una nueva vía para la formación de ministros laicos budistas y líderes en el programa de maestría en divinidad de la Escuela de Divinidad de Harvard (HDS).
Gyatso enseñó en el Amherst College antes de venir a Harvard como el primer profesor Hershey de Estudios Budistas de la Divinity School. En julio de 2014 se convirtió en decana asociada de la facultad y asuntos académicos de HDS.