Macklis recibió una doble licenciatura en ingeniería bioeléctrica y literatura del Instituto Tecnológico de Massachusetts. Recibió su doctorado y doctorado en 1984 en el Programa de Ciencias y Tecnología de la Salud (HST) de Harvard–MIT, donde fue asesorado por Richard L. Sidman. Completó una beca postdoctoral en neurociencia del desarrollo con Sidman. Macklis se formó clínicamente en medicina interna en el Brigham and Women’s Hospital (BWH) y en neurología para adultos en el Programa de Entrenamiento Neurológico Harvard-Longwood.
Macklis estableció por primera vez su laboratorio en la División de Ciencias Básicas de Neurociencias del Boston Children’s Hospital (BCH). En 2002, se trasladó al Hospital General de Massachusetts (MGH), donde fue Director fundador del Centro MGH-HMS para la Reparación del Sistema Nervioso (2002-2011). También codirigió el Programa de Enfermedad de Parkinson y Trastornos Relacionados en BWH.
En 2004, Macklis fundó el Programa de Neurociencia / Enfermedades del Sistema Nervioso en el Instituto de Células Madre de Harvard en la Universidad de Harvard, que dirigió hasta 2013. En 2007, Macklis fue nombrado Profesor Max y Anne Wien de Ciencias de la Vida. Su laboratorio se mudó físicamente a Cambridge, MA en 2011. Es miembro de la facultad de los programas de posgrado de Harvard en Neurociencia; Ciencias Biológicas y Biomédicas; Biología del Desarrollo y Regenerativa; y Moléculas, Células y Organismos; así como el programa HST de Harvard-MIT.
Macklis se convirtió en un Investigador Distinguido del Grupo Paul G. Allen Frontiers en 2015. Se convirtió en investigador de la Iniciativa de Investigación del Autismo de la Fundación Simons (SFARI) en 2017.
