Kekkei genkai (血継限界; literalmente significa «una técnica limitada a la herencia por sangre» o «Límite de Linaje») son habilidades transmitidas genéticamente en clanes específicos. Es posible que un ninja tenga más de una de estas habilidades. Las habilidades Kekkei genkai que funcionan a través del ojo del usuario se llaman dōjutsu. Otros kekkei genkai incluyen mezclar un tipo de chakra elemental con otro, creando uno nuevo único para los usuarios, lo que generalmente es imposible para un ninja normal.
Kekkei genkai y sus técnicas relacionadas no pueden ser enseñadas o copiadas por otros. Sin embargo, kekkei genkai se puede dar a otros. El dōjutsu, u otro genkai kekkei aislado en un solo órgano, puede ser trasplantado al cuerpo de otro. El uso de estos órganos requiere mucho más chakra que alguien nacido con el kekkei genkai. Los elementos de Chakra también se pueden transmitir a personas fuera del clan, pasando por una re-modificación del ADN para adquirir la técnica de Liberación. Sin embargo, la habilidad de las personas para usarlo no sería tan poderosa como el practicante original.
Aunque los kekkei genkai generalmente se comparten genéticamente dentro de un clan específico, a veces es exclusivo de una sola persona, e incluso los familiares no lo comparten. Sin embargo, otros kekkei genkai parecen aparecer en individuos sin relación conocida, como la Liberación de Lava, que ha aparecido en ninja de Kirigakure, Iwagakure y Kumogakure, mientras que la Liberación de imanes, que ha aparecido en ninja de Kumogakure y Sunagakure.
