Khizr Khoja tomó el trono de Mogulistán después de la derrota de Qamar-ud-din Khan Dughlat por Timur en 1390.
Tarikh-i-Rashidi de Mirza Muhammad Haidar Dughlat dice que el hijo menor de Tughluk Timur Khán fue Khizir Khwája Khán, y que mientras aún estaba en el seno de su madre, fue salvado de la crueldad y la enemistad de Kamaruddin por Mir Ághá, la madre de Amir Khudáidád. Cuando el niño cumplió doce años, sus amigos, aún temiendo a Amir Kamaruddin, se lo llevaron de Káshghar.
Amir Khudáidád deseaba enviar a unos cuantos hombres de confianza con él, pero Mir Ághá se opuso a este plan, diciendo: «No envíes a ninguno de tus propios sirvientes, porque cuando el niño se convierta en Khán, la gente de base se volverá influyente, y entonces se probarán enemigos para ti y para tus hijos. Se imaginarán que la gente no les respeta lo suficiente, sino que dicen entre ellos: «Éstos no son más que siervos. Por esta razón, más bien envía a otros que a tus propios sirvientes, envía a extraños.»Así que se enviaron doce hombres, y cada uno finalmente se convirtió en Emir. Muchos de sus descendientes están vivos ahora. Entre ellos estaba Arjirák, de quien descienden los Emires de Itárji; Tájri de Khwárizm, de quien nacen los Emires de Kunji; mientras que otro era de la tribu de Chálish Siádi ; y sus hijos también se convirtieron en Emires, con el estilo de Kushji, pero también se les llama Kukildásh.
Llevaron a Khizir Khwája Khán hasta las colinas que se encuentran entre Badakhshán y Káshghar. Pero los espías de Kamaruddin tuvieron noticias de su escondite, así que lo abandonó y huyó a las colinas de Khotan. Temiendo ser descubierto, fue a Sárigh Uighur, Jurján y Lob Katak, donde permaneció durante doce años. On the death of Kamaruddin, search was made for Khizir Khwája Khán, and Amir Khudáidád sent for him from where he was in hiding. Tan pronto como lo trajeron, Khudáidád convocó a la gente y lo crió al Khánship. Así, el esplendor de los Khán iluminó la soberanía de los mogoles, para que los asuntos de Mogulistán prosperaran. El Khán entonces concluyó una paz con Amir Timur, quien formó una alianza con él casándose con Tavakkul Khánim, una doncella del haram real.
