Kocuria rhizophila DC2201(= NBRC 103217)

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El actinomiceto del suelo Kocuria rhizophila es un cocoide, gram-bacteria positiva. Pertenece a la familia Micrococcaceae en el suborden Micrococcineae, un grupo bacteriano divergente para el que actualmente se dispone de una cantidad limitada de información genómica. La cepa tipo de K. rhizophila (DSM 11926T) se aisló de la rizosfera de la cola de gato de hoja estrecha (Typha angustifolia). El género Kocuria fue creado a partir del género Micrococcus sobre la base de la disección filogenética y quimiotaxonómica del género Micrococcus. Los miembros del género Kocuria fueron aislados de una amplia variedad de fuentes naturales, incluyendo piel de mamíferos, suelo, rizosfera, alimentos fermentados, muestras clínicas, agua dulce y sedimentos marinos. K. rhizophila ATCC 9341, anteriormente Micrococcus luteus, está designada como cepa de control de calidad en varias aplicaciones, incluidos los ensayos de susceptibilidad para una variedad de antibióticos. K. rhizophila DC2201 (=NBRC 103217) se derivó de IFO 12708 y se caracterizó como una cepa que exhibe tolerancia a una amplia variedad de disolventes orgánicos. El pequeño tamaño del genoma, la capacidad de crecer rápidamente y a alta densidad celular, y la robustez de las células en diversas condiciones de crecimiento serían altamente ventajosas para el desarrollo de un sistema de bioconversión bacteriano que podría usarse en condiciones duras, como en disolventes orgánicos.

La secuenciación y anotación del genoma de K. rhizophila DC2201 (= NBRC 103217) reveló un único cromosoma circular (2.697.540 bp; contenido de G+C de 71,16%) que contenía 2.356 genes codificadores de proteínas previstos. La mayoría de las proteínas predichas (87.7%) fueron ortólogas a proteínas actinobacterianas, y el genoma mostró una sintenia bastante buena con genomas actinobacterianos relacionados taxonómicamente. Por otro lado, el genoma parece codificar un número mucho menor de proteínas necesarias para el metabolismo secundario (una de cada péptido sintetasa no ribosomal y una poliquetida sintasa tipo III), la regulación transcripcional y la transferencia lateral de genes, reflejando el pequeño tamaño del genoma. La presencia de vías metabólicas probables para la transformación de compuestos fenólicos generados a partir de la descomposición de materiales vegetales, y la presencia de un gran número de genes asociados con el transporte de membrana, particularmente transportadores de aminoácidos y bombas de eflujo de fármacos, pueden contribuir a la utilización del organismo de exudados radiculares, así como a la tolerancia a diversos compuestos orgánicos.

Este trabajo se realizó como parte del proyecto «Desarrollo de una Infraestructura Tecnológica para Bioprocesos Industriales» de la Organización para el Desarrollo de Nuevas Energías y Tecnología Industrial (NEDO), Japón.

Photo by
Dr. Tamura (NBRC, NITE)

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