Hay muchos jefes en Kingdom Hearts 2, pero no tienes que matarlos a todos. Sin embargo, deberías, ya que cada muerte de jefe otorga un nivel de bonificación, aumentando los puntos de vida y PM.
En el juego original (excluyendo jefes de historia en mundos opcionales) solo hay un jefe opcional: Sephiroth. Puede ser desafiado no mucho después de que despejes a los paranoicos del Espacio, en la cornisa que domina el despiadado castillo de Maléfica. Es una pelea desafiante, pero mucho más fácil de lo que era en el primer juego. Cronometra tus recuperaciones aéreas para escapar de combos, prepárate para Ángel sin Corazón, triángulo en los momentos correctos, deberías estar bien en niveles más altos. Esto te dará Fenrir, una hoja clave de fuerza con Combo Negativo.
En 2.5, hay más jefes presentes. El primero que encontrarás es la siluetta ausente de Zexion en el Coliseo del Olimpo. La pelea no es dura y, con un poco de suerte y un poco de esfuerzo, caerá. No hace mucho en cuanto a ataques y es bastante fácil de golpear, pero capturará a tus aliados en libros, e incluso te capturará a ti. Cuando estás en el mundo de los libros, tienes que golpear los libros que te atacan hasta que encuentres el controlado por Zexion. Dale, dale al símbolo del triángulo, y serás libre, con Zexion abierto a algunos golpes gratis. Deja caer un material de artesanía único y la receta para un accesorio mágico único.
Marluxia es la siguiente y se puede encontrar en el Castillo de la Bestia. Solo unos pocos de sus ataques dañan tu salud porque te pone un contador. Cada golpe de guadaña reduce el contador, que llega al máximo en tu nivel actual. Su mejor oportunidad para conseguir golpes es cuando un torbellino rodea Marluxia. Bloquea la cadena de ataques que te siguen y podrás elegir entre dos órdenes de reacción: usa su guadaña y restablecerás el recuento. Reacciona a Marluxia y harás daño. Ambos lo dejan abierto a más ataques. Después de que algo de su salud se haya deteriorado, retirará más ataques. Bloquee y ruede hasta que pueda obtener la reacción y estará bien. Deja caer la receta para la Floración Completa, que otorga un 25% de regeneración de mp cuando se actualiza a FB+
Vexen se puede encontrar en Agrabah en la segunda visita. No podrás hacerle daño directamente hasta que rompas su escudo, momento en el que puedes golpearlo un poco. Sin embargo, tenga cuidado, ya que un círculo lo seguirá y recopilará datos sobre Sora. Una vez que alcanza un nuevo nivel, Vexen invoca a Sora Antiforme. Esto puede ser molesto si no se trata, y cada nivel se vuelve más difícil. Esta mecánica es el verdadero desafío de la lucha. Derrotarlo deja caer la receta de un escudo.
Larxene se encuentra en su segunda visita a Port Royale. No hay mucho truco para derrotarla, aunque cuando se divide en dos, ambas le permitirán un comando de reacción en el que las lanzas juntas. Ella deja caer la receta de una pieza de armadura, que aumenta el poder de thundaga en su forma+.
Laexeus es el último y se puede encontrar en Twilight Town. Se hace más fuerte a medida que avanza la lucha y algunos de sus ataques pueden ser difíciles de esquivar. Para infligir daño, tienes que bloquear un ataque en el que golpea su arma contra el suelo y la balancea hacia ti, momento en el que se tambaleará y se puede desencadenar una reacción para hacerlo vulnerable. Derrotarlo deja caer la receta para un bastón basado en la fuerza.
Después de esto, sus próximos jefes opcionales, llamados Data XIII, los pueden encontrar en el Grdfn de Ensamblaje, a través de la Caverna del Recuerdo en Bastión Hueco/Jardín Radiante. Esto consiste en versiones más fuertes de cada miembro de la Org XIII, y aunque las estrategias son las mismas para algunos, necesita una guía propia. Derrotarlos a todos otorgará Prueba de Inexistencia, lo que mejora la corona de Sora.
El jefe final es la Voluntad Persistente, que se encuentra en el castillo de Disney después de completar el juego. Este es el famoso jefe más difícil de la serie Kingdom Hearts, así que ven completamente nivelado. Es recomendable traer Ultjma para regeneración de MP si curas mucho o Calabaza Decisiva para obtener el máximo daño. Cada vez que empieces la pelea, él usará un ataque. Presta mucha atención a este y a ataques posteriores, ya que te dirá qué conjunto de movimientos está usando. Después de una cierta cantidad de gotas de salud, cambia a otro conjunto de movimientos. Este es siempre el mismo. Sus ataques se vuelven más frecuentes y tus ventanas para atacar se reducen a medida que avanza la pelea, así que haz que surrle sea tan oportuno como razonable. Vencer a este jefe otorga otra Prueba, mejorando la corona de Sora, así como un Punto de Impulso más.