REPORTE DE CASO
La paciente era una niña de 3 años con forma colónica total de la enfermedad de Hirschsprung. En el día 2 de vida (27 de abril de 2006), se realizó una cirugía de emergencia para la oclusión del intestino delgado debido a atresia, con extracción de 31 cm de intestino delgado, seguida de ileostomía terminal y colostomía. Se necesitó entonces una nutrición parenteral total. El 25 de agosto de 2006, un puerto de acceso vascular implantable subcutáneo (Catéter Venoso Central Cook Spectrum, Cook Ireland Ltd.) se colocó para nutrición parenteral en el hogar después de una extracción accidental del catéter Nutricath (Vygon, Francia).
Cuatro meses después (diciembre de 2006), se observó el primer episodio séptico, con siete muestras de sangre positivas extraídas a través del catéter y de una vena periférica. La fiebre se resolvió rápidamente tras el inicio de la terapia antimicrobiana que combinaba vancomicina (40 mg/kg de peso corporal/día, 10 días) y gentamicina (3 mg/kg/día, 2 días). Los aislados de sangre se identificaron por primera vez como Micrococcus spp. mediante el uso de galerías bioquímicas de rutina y posteriormente como Kocuria rhizophila mediante el uso de herramientas moleculares. Posteriormente, se observaron otros siete episodios sépticos con K. rhizophila (dos en 2007, cuatro en 2008 y uno en 2009) que se resolvieron con la misma terapia antimicrobiana. Dado que se asumió que la colonización del catéter era la causa de la sepsis, el etanol se bloquea (se instiló etanol al 70% en el lumen del catéter durante 12 h y luego se retiró del lumen del catéter; luego, se realizó un lavado isotónico de cloruro de sodio) en el catéter durante los últimos cuatro episodios asociados con antibióticos sistémicos (17). En el momento del último evento séptico en 2009, se detectó un orificio en el catéter y se reparó con un kit de reparación específico. Después de abril de 2009, no se observó ningún episodio séptico novedoso.
Durante el período de 3 años (2007 a 2009), utilizando el sistema tridimensional BacT/Alert (3D) (bioMérieux, Marcy l’Etoile, Francia), se obtuvieron un total de 22 hemocultivos positivos, con 21 muestras extraídas del catéter y una de una vena periférica. Todos los cultivos produjeron cocos grampositivos que ocurrieron en pares, tétradas y racimos que se identificaron preliminarmente como especies de Micrococos con características básicas. Las colonias crecían en condiciones aeróbicas y parecían suaves y circulares con un tinte amarillo limón o color crema en el agar sanguíneo. Los aislados fueron catalasa positiva, oxidasa negativa, susceptibles a la bacitracina y resistentes a la furazolidona. Solo se encontraron algunas reacciones positivas con la galería de estafilococos ID 32 (bioMérieux), produciendo Staphylococcus auricularis con una probabilidad débil del 57%. En 2006 y 2007, la cepa clínica fue considerada Micrococo sin otra investigación en el proceso de identificación. En 2008, utilizamos la tarjeta Vitek 2 ID-GPC (bioMérieux) que dio como resultado varians Kocuria con una puntuación de confianza aparente «excelente» (98%). Solo mostró una única prueba de discordancia (urea), ya que parecía negativa para esta especie, mientras que debería ser positiva en el 87% de los aislados de K. varians. Para aclarar esta prueba discordante y confirmar K. varians, se utilizó el análisis génico del ARNr 16S. La extracción de ADN y el análisis de secuencia génica del ARNr 16S se realizaron como se describió anteriormente (16). El procedimiento se realizó en 11 aislados clínicos: cuatro recuperados en 2006, seis en 2008 y uno en 2009. Sorprendentemente, todas las secuencias obtenidas mostraron una identidad completa a las de K. rhizophila depositadas en la base de datos de nucleótidos del GenBank. La secuencia del gen ARNr 16S del aislado de K. rhizophila mostró una similitud del 98% (457/466) con la del gen ARNr 16S de la cepa K. rhizophila DC22201 (GenBank accession no. NC010617) y mostró similitud con las secuencias de otras 10 cepas de K. rhizophila, incluida la cepa de tipo histórico de Kovacs K. rhizophila TA68T (GenBank accession no. NR_026452; similitud del 99%) y Micrococcus luteus NCTC 2665 (GenBank accession no. NC012803; similitud del 93%). Otras especies de Kocuria mostraron una similitud de 451/462 para Kocuria carniphila y 452/467 para Kocuria marina. Finalmente, y recientemente, hemos utilizado espectrometría de masas de tiempo de vuelo de ionización de desorción láser asistida por matriz (MALDI-TOF MS) como se describió anteriormente (6), confirmando la cepa como K. rhizophila. Los perfiles espectrales de cuatro aislados clínicos fueron idénticos al perfil espectral de la cepa tipo K. rhizophila (Fig. 1) y muy distinto de los perfiles de Kocuria kristinae, Kocuria palustris, Kocuria rosea y varians de Kocuria, todos presentes en la base de datos de Andromas. With the disk diffusion method, all the isolates were resistant to ciprofloxacin, intermediate to erythromycin, and susceptible to penicillin, gentamicin, amikacin, tobramycin, tetracycline, vancomycin, and teicoplanin, according to EUCAST breakpoints determined for Staphylococcus spp. since there are not breakpoints available for Kocuria spp. With broth microdilution, MICs were 0.03 mg/liter for penicillin, 0.5 mg/liter for gentamicin, 1 mg/liter for amikacin, 2 mg/liter for tobramycin, 8 mg/liter for ciprofloxacin, 4 mg/liter for erythromycin, 0.125 mg/liter for tetracycline, 0.5 mg/litro para vancomicina y 1 mg/litro para teicoplanina.
MALDI-TOF MS perfiles espectrales. Cuatro líneas superiores, cuatro aislados clínicos de K. rhizophila de nuestro paciente; última línea, cepa tipo K. rhizophila utilizada en la base de datos de Andromas.
El genotipado de aislados clínicos con la técnica de PCR de cebado arbitrario requirió tiempos de rampa prolongados, según lo reportado por Ellinghaus et al. (8). Se realizó en 9 aislados representativos de los ocho episodios sépticos y mostró el mismo patrón, representando una K clonal. la cepa de rhizophila se recuperó durante 3 años (Fig. 2).
Patrones de PCR arbitrariamente cebados de cepas de K. rhizophila. Carriles: M, escalera de ADN; 1, cepa tipo DSM 11926; 11, K. rhizophila de otro paciente (las cepas de los carriles 1 y 11 no están relacionadas); 2 y 3, dos aislados del primer episodio séptico; 4, aislado del segundo episodio; 5, aislado del tercer episodio; 6, aislado del cuarto episodio; 7, aislado del quinto episodio; 8, aislado del sexto episodio; 9, aislado del séptimo episodio; 10, aislado del último episodio séptico; 12, control negativo. Los carriles 2 a 10 tienen patrones similares, lo que indica la misma tensión.
Se encontraron especies microcócicas en el polvo, el suelo, el agua y los alimentos, así como en la piel y la mucosa de seres humanos y animales. También se ha encontrado que miembros de estos grupos de especies causan infecciones como meningitis, endocarditis y neumonía, particularmente en pacientes inmunodeprimidos, e infecciones relacionadas con dispositivos implantados o insertados (18, 21, 30). Entre el género recientemente establecido Kocuria, los casos documentados de infecciones en humanos son limitados. La especie tipo K. se ha notificado que la rosea causa bacteremia relacionada con el catéter (2). También se ha informado de que otro miembro del género, K. kristinae, causa bacteremia relacionada con el catéter en pacientes con cáncer de ovario (3) o colecistitis aguda (14). En 2009, Lee et al. reportaron dos casos de peritonitis causada por K. marina. (12). Más recientemente, en 2010, Lai et al. (11) bacteriemia relacionada con el catéter y endocarditis infecciosa reportada causada por Kocuria sp., mientras que Tsai et al. (27) reportaron una infección por K. varians asociada con absceso cerebral.
Mientras que K. rhizophila ha sido aislada de alimentos como queso (7) y carne de pollo (1), que sepamos, nuestro caso es el segundo reporte de infección humana por K. rhizophila después del primero descrito por Becker et al. en 2008 (4). Si bien la fuente de nuestra cepa de K. rhizophila persistente a 3 años no estaba clara, es posible que formara parte de la flora cutánea residente del paciente, colonizando el dispositivo intravascular en varias ocasiones. El dispositivo intravascular a largo plazo (3 años) probablemente proporcionó un nicho para la cepa persistente de K. rhizophila, recurrente a través del orificio del dispositivo. La reparación del dispositivo dañado parecía prevenir la aparición de cualquier nuevo episodio séptico hasta ahora. Ahora, a todo el personal de la sala se le recuerda con frecuencia la aplicación estricta del protocolo aséptico en relación con el manejo del catéter venoso central. Actualmente, el niño goza de buena salud y siempre tiene heces líquidas. La nutrición parenteral podría reducirse a 5 días por semana.
La galería de estafilococos ID 32 no permitió una identificación confiable de K. rhizophila ya que la base de datos de este kit de diagnóstico disponible comercialmente incluye solo un número limitado de especies microcócicas, no cubre las especies recientemente descritas y no refleja la taxonomía establecida por Stackebrandt et al. (23). La tarjeta Vitek 2 ID-GP identificó ambiguamente varias especies de Kocuria (K. varians, K. kristinae y K. rosea), pero no K. rhizophila. Además, la identificación errónea de estafilococos coagulasa negativos como kocuria utilizando el análisis bioquímico estándar del sistema Vitek 2 no es infrecuente, debido a la variabilidad fenotípica (5). En contraste, el uso del análisis génico de ARNr 16S o MS MALDI-TOF fue adecuado para obtener una identificación precisa de K. rhizophila.
Actualmente se dispone de pocos datos sobre la susceptibilidad antimicrobiana de Kocuria spp. u otros micrococos y, además, aún no se ha definido un régimen terapéutico generalmente aceptado para infecciones graves. En 1995, von Eiff et al. (29) se determinaron MICs de varios fármacos en 188 cepas microcócicas: MIC90s (mg/litro) de rifampicina, penicilina, imipenem, ampicilina, clindamicina, cefotaxima, vancomicina/teicoplanina y gentamicina fueron, respectivamente, ≤0.031, 0.125, 0.125, 0.25, 0.25, 1, 1/1, y 1, mientras que los MIC 90 de amikacina, eritromicina, fosfomicina y ácido fusídico fueron > 2 mg / litro. En nuestro caso, la cepa era susceptible a vancomicina y gentamicina, y la combinación de estos dos fármacos siempre permitió la esterilización de hemocultivos.
En conclusión, si un organismo que se asemeja a micrococos se aísla repetidamente de hemocultivos, es importante utilizar medios distintos de los sistemas bioquímicos de rutina, como la secuenciación del gen 16S rRNA o MALDI-TOF MS, para obtener una identificación precisa de la especie. También se recomienda verificar cuidadosamente la integridad de los dispositivos intravasculares a largo plazo y reparar los daños en las vías centrales de rescate de tener que ser removidas.
Número de acceso de la secuencia de nucleótidos.
La secuencia génica del ARNr 16S del aislado de K. rhizophila se ha enviado a GenBank con el número de acceso JQ272742.
