También poseo un Pixelbook y escribo código Java regularmente. La sugerencia de u / Yithar es buena y hago exactamente eso. Supongo que solo quería darte un consejo más específico.
Instalé Ubuntu 16.04 a través de crouton. Al hacer eso, se le da la opción de elegir entre tres entornos de escritorio: xfce, gnome y unity. (Creo que hay más opciones, pero creo que estas tres son las más comunes.) El Pixelbook parece tener un problema con xfce donde hay retardo de entrada tanto con el teclado como con el trackpad. Instalé el entorno de escritorio gnome y no tengo ningún problema. Solo tenía otro problema que se describe (y resuelve) en este hilo.
Cuando estás programando en Java en Ubuntu, hay que elegir entre el JDK lanzado por Oracle o la versión de código abierto. La versión de código abierto es mucho más fácil de instalar y eso es lo que recomiendo si a sus profesores no les importa. Todo lo que se necesita es sudo apt-get install default-jdk y listo. Por supuesto, también puede instalar cualquiera de varios IDE (o usar la línea de comandos si es lo que prefiere).
