Asumo que no has jugado con TSLRCM instalado, ¿correcto? Muchas de las preguntas y agujeros en la historia se explican si instala la restauración.
Nihilus es alguien que descubrió su capacidad de Fuerza para poder consumir de manera efectiva los seres vivos a través de su conexión con la Fuerza, cuando se quedó varado en Malachor después de la guerra mandaloriana y estaba luchando por sobrevivir. Dado que él mismo tenía una fuerte conexión con la Fuerza, toda la muerte, el dolor y la destrucción lo convirtieron en una herida en la Fuerza (esencialmente un agujero en el tejido de la Fuerza viviente que une toda la vida en el universo). Si hablaste con Visas y Kreia, te dicen mucho sobre Nihilus.
El MSG fue un dispositivo que se utilizó para destruir la flota mandaloriana (y muchas naves de la República y el planeta de Malaquor) durante la última batalla, pero todo se dice incluso en el juego vanilla. Durante el final, se activa por segunda vez.
Goto tiene un pensamiento altamente analítico (no se si has descubierto o no su identidad, así que no la estropearé para ti), y ve a Malachor como algo de gran potencial, que tiene conocimientos y tecnología demasiado valiosos para ser destruido.
La elección de Kreia de Malacor como confrontación final fue definitivamente intencional. Malacor estaba en una herida de Fuerza enorme. Así que si ella mató al Exilio (otra Herida de Fuerza) en el centro de ella, eso cortaría a todos de la Fuerza en la galaxia, para que sus destinos ya no se vean influenciados por ella. Kreia odia a la Fuerza, a los Jedi y a los Sith también, por lo que entrenó a un aprendiz con sus propias enseñanzas, y si los mata, su plan se cumple, pero si el aprendiz la mata, entonces pueden entrenar a otros en sus caminos; así que pase lo que pase, Kreia gana.
Sion está en gran conflicto básicamente en todo. Proviene de la esencia misma de forzarse a sí mismo a estar vivo, incluso si debería haber muerto hace décadas. Además, Kreia retorció su mente y lo convirtió en su sirviente una vez más. Se le puede hacer darse cuenta de que Kreia lo está usando y, de hecho, ella lo desprecia enormemente.