A mediados de la década de 1610, el Shah Abbas I renovó su esfuerzo para llevar a Georgia más completamente al imperio safávida y sometió a Kajetia a repetidas invasiones en 1614, 1615 y 1616. En una serie de insurrecciones georgianas y represalias iraníes, murieron de sesenta a setenta mil personas, y más de cien mil campesinos kajetios fueron deportados por la fuerza a Irán. La población de Kajetia se redujo en dos tercios; las ciudades florecientes, como Gremi y Zagemi, se redujeron a aldeas insignificantes; la agricultura disminuyó y el comercio se paralizó.: 50-51 En 1648, el infatigable Taimuraz finalmente había sido expulsado de Kajetia. El gobierno safávida reforzó su control de Kajetia, implementó una política de reemplazo de la población nativa con tribus nómadas turcas. Al mismo tiempo, los montañistas de Daguestán comenzaron a atacar y colonizar las tierras de la marca kajetia.
En 1659, los kajetios organizaron un levantamiento general, frustrando los planes safávidas de asentar a decenas de miles de turcomanos en Kajetia. Sin embargo, Kajetia permaneció bajo el control político de Irán; los tres líderes aristocráticos del levantamiento se rindieron y fueron ejecutados. Algunos años más tarde, Vakhtang V Shah-Nawaz, un rey georgiano musulmán/vali de Kartli, logró obtener el permiso del sha para instalar a su hijo Archil como rey/vali en Kajetia. Durante un tiempo, los dos reinos del este de Georgia estuvieron virtualmente unidos bajo Shah-Nawaz y su hijo, y se produjo un período de relativa paz. Haciendo de la ciudad de Telavi su capital, en lugar de Gremi, que fue arruinada por las invasiones iraníes, Archil se dispuso a implementar un programa de reconstrucción. Sin embargo, la situación prometedora era de corta duración. La ascensión de Archil en Kajetia marcó el comienzo de una rivalidad entre las dos ramas Bagrationi: los Mukhrani, a los que Archil pertenecía, y la Casa de Kajetia, desposeída de la corona en la persona de Teimuraz I. Esta última casa finalmente logró, a expensas de su apostasía al Islam, restablecerse en 1703, y gobernó, en adelante, a placer de sus suzeranos safávidas. Sin embargo, esto resultó ser de poco beneficio, y el reino continuó plagado de incursiones incesantes en Daguestán.
De 1724 a 1744, Kajetia fue sometida a las sucesivas ocupaciones otomanas e iraníes. Sin embargo, el servicio prestado por el príncipe kajetia Teimuraz II a Nader Shah de Irán en la lucha contra los otomanos resultó en la anulación del fuerte tributo pagado por Kajetia a la corte iraní en 1743. En 1744, como recompensa por su lealtad, Nader concedió la realeza de Kartli a Teimuraz II y la de Kartli a su hijo Erekle II. Ambos monarcas fueron coronados de acuerdo con una tradición cristiana en 1745. Explotaron la agitación en Irán que siguió al asesinato de Nader en 1747 y se establecieron como gobernantes virtualmente independientes. Su gobierno ayudó a estabilizar el país; la economía comenzó a revivir, y los ataques de Daguestán se redujeron, pero no se eliminaron. Cuando Teimuraz murió el 8 de enero de 1762, Erekle lo sucedió, uniendo así el este de Georgia como un solo estado por primera vez en casi tres siglos, en la forma del Reino de Kartli-Kajetia.
